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https://bitbucket.org/cosmicvoids/vide_public.git
synced 2025-07-04 23:31:12 +00:00
Splitted jozov2 into several files for better readability
This commit is contained in:
Guilhem Lavaux
parent
60e692a0cb
commit
9b0e7e115e
5 changed files with 651 additions and 583 deletions
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@ -7,594 +7,13 @@
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#include <cmath>
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#include <cmath>
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#include <assert.h>
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#include <assert.h>
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/* jovoz.c by Mark Neyrinck */
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/* jovoz.c by Mark Neyrinck */
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#include "jozov2.hpp"
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#include "zobov.hpp"
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#include "zobov.hpp"
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using namespace std;
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using namespace std;
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using boost::format;
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using boost::format;
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#define BIGFLT 1e30 /* Biggest possible floating-point number */
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#define NLINKS 1000 /* Number of possible links with the same rho_sl */
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#define FF cout.flush()
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extern "C" void findrtop(double *a, int na, int *iord, int nb);
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class FileError: virtual std::exception
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{
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};
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void readAdjacencyFile(const string& adjfile, PARTICLE*& p, pid_t& np)
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throw(FileError)
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{
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ifstream adj(adjfile.c_str());
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if (!adj) {
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cout << format("Unable to open %s") % adjfile << endl;
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throw FileError();
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}
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adj.read((char *)&np, sizeof(pid_t));
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cout << format("adj: %d particles") % np << endl;
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FF;
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p = new PARTICLE[np];
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/* Adjacencies*/
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for (pid_t i=0; i < np; i++) {
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adj.read((char*)&p[i].nadj, sizeof(pid_t));
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if (!adj)
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throw FileError();
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/* The number of adjacencies per particle */
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if (p[i].nadj > 0)
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p[i].adj = new pid_t[p[i].nadj];
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else
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p[i].adj = 0;
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p[i].ncnt = 0; /* Temporarily, it's an adj counter */
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}
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for (pid_t i = 0; i < np; i++)
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{
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pid_t nin;
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adj.read((char*)&nin, sizeof(pid_t));
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||||||
if (!adj)
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||||||
throw FileError();
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||||||
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||||||
if (nin > 0)
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||||||
{
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||||||
for (int k=0; k < nin; k++) {
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pid_t j;
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||||||
adj.read((char *)&j,sizeof(pid_t));
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||||||
if (j < np)
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||||||
{
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||||||
/* Set both halves of the pair */
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assert(i < j);
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||||||
if (p[i].ncnt == p[i].nadj)
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||||||
{
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||||||
cout << format("OVERFLOW for particle %d (pending %d). List of accepted:") % i % j << endl;
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||||||
for (int q = 0; q < p[i].nadj; q++)
|
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||||||
cout << format(" %d") % p[i].adj[q] << endl;
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||||||
throw FileError();
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||||||
}
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||||||
|
|
||||||
if (p[j].ncnt == p[j].nadj)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cout << format("OVERFLOW for particle %d (pending %d). List of accepted:") % j % i << endl;
|
|
||||||
for (int q = 0; q < p[j].nadj; q++)
|
|
||||||
cout << format(" %d\n") % p[j].adj[q] << endl;
|
|
||||||
throw FileError();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
p[i].adj[p[i].ncnt] = j;
|
|
||||||
p[j].adj[p[j].ncnt] = i;
|
|
||||||
p[i].ncnt++;
|
|
||||||
p[j].ncnt++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cout << format("%d: adj = %d") % i % j << endl;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
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||||||
}
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||||||
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||||||
void readVolumeFile(const std::string& volfile, PARTICLE *p, pid_t np,
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||||||
pid_t mockIndex)
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||||||
throw(FileError)
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||||||
{
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||||||
ifstream vol(volfile.c_str());
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||||||
pid_t np2;
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||||||
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||||||
if (!vol)
|
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||||||
{
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||||||
cout << "Unable to open volume file " << volfile << endl;
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||||||
throw FileError();
|
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||||||
}
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||||||
vol.read((char *)&np2, sizeof(pid_t));
|
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||||||
if (np != np2) {
|
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||||||
cout << format("Number of particles doesn't match! %d != %d") % np %np2 << endl;
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||||||
throw FileError();
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||||||
}
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||||||
cout << format("%d particles") % np << endl;
|
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||||||
FF;
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||||||
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||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++) {
|
|
||||||
vol.read((char*)&p[i].dens, sizeof(float));
|
|
||||||
if (((p[i].dens < 1e-30) || (p[i].dens > 1e30)) && (i < mockIndex)) {
|
|
||||||
cout << format("Whacked-out volume found, of particle %d: %f") % i % p[i].dens << endl;
|
|
||||||
p[i].dens = 1.;
|
|
||||||
}
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||||||
p[i].dens = 1./p[i].dens; /* Get density from volume */
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||||||
}
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||||||
}
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||||||
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||||||
void buildInitialZones(PARTICLE *p, pid_t np, pid_t* jumped,
|
|
||||||
pid_t *numinh, pid_t& numZones)
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|
||||||
{
|
|
||||||
pid_t *jumper = new pid_t[np];
|
|
||||||
float minvol;
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||||||
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||||||
/* find jumper */
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++) {
|
|
||||||
PARTICLE& cur_p = p[i];
|
|
||||||
|
|
||||||
minvol = cur_p.dens;
|
|
||||||
jumper[i] = -1;
|
|
||||||
for (int j = 0; j < cur_p.nadj; j++) {
|
|
||||||
if (p[cur_p.adj[j]].dens < minvol) {
|
|
||||||
jumper[i] = cur_p.adj[j];
|
|
||||||
minvol = p[jumper[i]].dens;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
numinh[i] = 0;
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
|
||||||
(cout << "About to jump ... " << endl).flush();
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Jump */
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++) {
|
|
||||||
jumped[i] = i;
|
|
||||||
while (jumper[jumped[i]] > -1)
|
|
||||||
jumped[i] = jumper[jumped[i]];
|
|
||||||
numinh[jumped[i]]++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
(cout << "Post-jump ..." << endl).flush();
|
|
||||||
|
|
||||||
numZones = 0;
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
|
||||||
if (numinh[i] > 0)
|
|
||||||
numZones++;
|
|
||||||
cout << format("%d initial zones found") % numZones << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
delete[] jumper;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void buildZoneAdjacencies(PARTICLE *p, pid_t np,
|
|
||||||
ZONE *z, ZONET *zt,
|
|
||||||
int numZones,
|
|
||||||
pid_t *jumped,
|
|
||||||
int *zonenum,
|
|
||||||
int *numinh)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
/* Count border particles */
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
|
||||||
for (int j = 0; j < p[i].nadj; j++) {
|
|
||||||
pid_t testpart = p[i].adj[j];
|
|
||||||
if (jumped[i] != jumped[testpart])
|
|
||||||
zt[zonenum[jumped[i]]].nadj++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
try
|
|
||||||
{
|
|
||||||
for (int h = 0; h < numZones; h++) {
|
|
||||||
zt[h].adj = new pid_t[zt[h].nadj];
|
|
||||||
zt[h].slv = new float[zt[h].nadj];
|
|
||||||
zt[h].nadj = 0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
catch(const std::bad_alloc& a)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cout << "Could not allocate memory for zone adjacencies." << endl;
|
|
||||||
throw a;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Find "weakest links" */
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int h = zonenum[jumped[i]];
|
|
||||||
ZONET& zt_h = zt[h];
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int j = 0; j < p[i].nadj; j++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
pid_t testpart = p[i].adj[j];
|
|
||||||
bool already;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (h != zonenum[jumped[testpart]]) {
|
|
||||||
if (p[testpart].dens > p[i].dens) {
|
|
||||||
/* there could be a weakest link through testpart */
|
|
||||||
already = false;
|
|
||||||
for (int za = 0; za < zt_h.nadj; za++)
|
|
||||||
if (zt_h.adj[za] == zonenum[jumped[testpart]]) {
|
|
||||||
already = true;
|
|
||||||
if (p[testpart].dens < zt_h.slv[za]) {
|
|
||||||
zt_h.slv[za] = p[testpart].dens;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (!already) {
|
|
||||||
zt_h.adj[zt_h.nadj] = zonenum[jumped[testpart]];
|
|
||||||
zt_h.slv[zt_h.nadj] = p[testpart].dens;
|
|
||||||
zt_h.nadj++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else { /* There could be a weakest link through i */
|
|
||||||
already = false;
|
|
||||||
for (int za = 0; za < zt_h.nadj; za++)
|
|
||||||
if (zt_h.adj[za] == zonenum[jumped[testpart]]) {
|
|
||||||
already = true;
|
|
||||||
if (p[i].dens < zt_h.slv[za]) {
|
|
||||||
zt_h.slv[za] = p[i].dens;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (!already) {
|
|
||||||
zt_h.adj[zt_h.nadj] = zonenum[jumped[testpart]];
|
|
||||||
zt_h.slv[zt_h.nadj] = p[i].dens;
|
|
||||||
zt_h.nadj++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
(cout <<"Found zone adjacencies" << endl).flush();
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Free particle adjacencies */
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (p[i].adj != 0)
|
|
||||||
delete[] p[i].adj;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Use z instead of zt */
|
|
||||||
for (int h = 0; h < numZones; h++) {
|
|
||||||
z[h].nadj = zt[h].nadj;
|
|
||||||
z[h].adj = new pid_t[zt[h].nadj];
|
|
||||||
z[h].slv = new float[zt[h].nadj];
|
|
||||||
for (int za = 0; za < zt[h].nadj; za++) {
|
|
||||||
z[h].adj[za] = zt[h].adj[za];
|
|
||||||
z[h].slv[za] = zt[h].slv[za];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
delete[] zt[h].adj;
|
|
||||||
delete[] zt[h].slv;
|
|
||||||
z[h].np = numinh[z[h].core];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void buildZones(PARTICLE *p, pid_t np, pid_t *&jumped,
|
|
||||||
ZONE*& z, int& nzones,
|
|
||||||
int*& zonenum)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
pid_t *numinh;
|
|
||||||
ZONET *zt;
|
|
||||||
|
|
||||||
jumped = new pid_t[np];
|
|
||||||
numinh = new pid_t[np];
|
|
||||||
|
|
||||||
buildInitialZones(p, np, jumped, numinh, nzones);
|
|
||||||
|
|
||||||
try
|
|
||||||
{
|
|
||||||
z = new ZONE[nzones];
|
|
||||||
zt = new ZONET[nzones];
|
|
||||||
zonenum = new int[np];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
catch (const std::bad_alloc& e)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cout << "Unable to do zone allocations" << endl;
|
|
||||||
throw e;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
int h = 0;
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (numinh[i] > 0) {
|
|
||||||
z[h].core = i;
|
|
||||||
zonenum[i] = h;
|
|
||||||
h++;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
zonenum[i] = -1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
buildZoneAdjacencies(p, np, z, zt,
|
|
||||||
nzones, jumped, zonenum, numinh);
|
|
||||||
|
|
||||||
delete[] zt;
|
|
||||||
delete[] numinh;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (pid_t i=0; i < np; i++) {
|
|
||||||
int h = zonenum[i];
|
|
||||||
z[h].vol += 1.0/(double)p[i].dens;
|
|
||||||
z[h].numzones = 0;
|
|
||||||
z[h].zonelist = 0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void writeZoneFile(const std::string& zonfile, PARTICLE* p, pid_t np,
|
|
||||||
ZONE *z, int numZones, int* zonenum, int *jumped)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
pid_t **m = new pid_t *[numZones];
|
|
||||||
pid_t *nm = new pid_t[numZones];
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Not in the zone struct since it'll be freed up (contiguously, we hope)
|
|
||||||
soon */
|
|
||||||
for (int h=0; h < numZones; h++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
m[h] = new pid_t[z[h].np];
|
|
||||||
nm[h] = 0;
|
|
||||||
z[h].vol = 0.;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int h = zonenum[jumped[i]];
|
|
||||||
if (z[h].core == i)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
m[h][nm[h]] = m[h][0];
|
|
||||||
m[h][0] = i; /* Put the core particle at the top of the list */
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
m[h][nm[h]] = i;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
nm[h] ++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
delete[] nm;
|
|
||||||
|
|
||||||
ofstream zon(zonfile.c_str());
|
|
||||||
if (!zon)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cout << format("Problem opening zonefile %s.") % zonfile << endl;
|
|
||||||
throw FileError();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
zon.write((char *)&np, sizeof(pid_t));
|
|
||||||
zon.write((char *)&numZones, sizeof(int));
|
|
||||||
for (int h = 0; h < numZones; h++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
zon.write((char *)&(z[h].np), sizeof(pid_t));
|
|
||||||
zon.write((char *)m[h],z[h].np * sizeof(pid_t));
|
|
||||||
delete[] m[h];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
delete[] m;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void doWatershed(const std::string& zonfile2, PARTICLE *p, pid_t np, ZONE *z, int numZones, float maxvol, float voltol)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
char *inyet, *inyet2;
|
|
||||||
int *zonelist, *zonelist2;
|
|
||||||
int nhl;
|
|
||||||
int *links = new int[NLINKS];
|
|
||||||
int *iord;
|
|
||||||
float maxdenscontrast = 0;
|
|
||||||
bool *done_zones;
|
|
||||||
|
|
||||||
ofstream zon2(zonfile2.c_str());
|
|
||||||
if (!zon2)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cout << format("Problem opening zonefile %s.)") % zonfile2 << endl;
|
|
||||||
throw FileError();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
zon2.write((char *)&numZones,sizeof(int));
|
|
||||||
|
|
||||||
inyet = new char[numZones];
|
|
||||||
inyet2 = new char[numZones];
|
|
||||||
zonelist = new int[numZones];
|
|
||||||
zonelist2 = new int[numZones];
|
|
||||||
done_zones = new bool[numZones];
|
|
||||||
|
|
||||||
fill(inyet, inyet + numZones, 0);
|
|
||||||
fill(inyet2, inyet2 + numZones, 0);
|
|
||||||
fill(done_zones, done_zones + numZones, false);
|
|
||||||
|
|
||||||
double *sorter = new double[numZones+1];
|
|
||||||
/* Assign sorter by probability (could use volume instead) */
|
|
||||||
for (int h = 0; h < numZones; h++)
|
|
||||||
sorter[h] = (double)z[h].core;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Text output file */
|
|
||||||
|
|
||||||
printf("about to sort (pre-watershed sort) ...\n");FF;
|
|
||||||
|
|
||||||
iord = new int[numZones];
|
|
||||||
|
|
||||||
findrtop(sorter, numZones, iord, numZones);
|
|
||||||
delete[] sorter;
|
|
||||||
|
|
||||||
nhl = 0;
|
|
||||||
for (int ii = 0; ii < numZones; ii++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int nhlcount = 0;
|
|
||||||
int h = iord[ii];
|
|
||||||
float lowvol;
|
|
||||||
bool beaten;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int hl = 0; hl < nhl; hl++)
|
|
||||||
inyet[zonelist[hl]] = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
zonelist[0] = h;
|
|
||||||
inyet[h] = 1;
|
|
||||||
nhl = 1;
|
|
||||||
z[h].npjoin = z[h].np;
|
|
||||||
do {
|
|
||||||
/* Find the lowest-volume (highest-density) adjacency */
|
|
||||||
int nl = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
beaten = false;
|
|
||||||
lowvol = BIGFLT;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int hl = 0; hl < nhl; hl++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int h2 = zonelist[hl];
|
|
||||||
if (inyet[h2] == 1) { /* If it's not already identified as
|
|
||||||
an interior zone, with inyet=2 */
|
|
||||||
bool interior = true;
|
|
||||||
for (int za = 0; za < z[h2].nadj; za++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (inyet[z[h2].adj[za]] == 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
interior = false;
|
|
||||||
if (z[h2].slv[za] == lowvol)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
links[nl] = z[h2].adj[za];
|
|
||||||
nl ++;
|
|
||||||
if (nl == NLINKS)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
printf("Too many links with the same rho_sl! Increase NLINKS from %d\n",nl);
|
|
||||||
exit(0);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (z[h2].slv[za] < lowvol)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
lowvol = z[h2].slv[za];
|
|
||||||
links[0] = z[h2].adj[za];
|
|
||||||
nl = 1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (interior)
|
|
||||||
inyet[h2] = 2; /* No bordering exter. zones */
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nl == 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
beaten = true;
|
|
||||||
z[h].leak = maxvol;
|
|
||||||
continue;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (lowvol > voltol)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
beaten = true;
|
|
||||||
z[h].leak = lowvol;
|
|
||||||
continue;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int l = 0; l < nl; l++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (!done_zones[links[l]]) /* Equivalent to p[z[links[l]].core].dens < p[z[h].core].dens) as zones are sorted. */
|
|
||||||
beaten = true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (beaten)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
z[h].leak = lowvol;
|
|
||||||
continue;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Add everything linked to the link(s) */
|
|
||||||
int nhl2 = 0;
|
|
||||||
for (int l = 0; l < nl; l++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (inyet2[links[l]] == 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
zonelist2[nhl2] = links[l];
|
|
||||||
inyet2[links[l]] = 1;
|
|
||||||
nhl2 ++;
|
|
||||||
bool added = true;
|
|
||||||
while (added && !beaten)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
added = false;
|
|
||||||
for (int hl = 0; (hl < nhl2) && (!beaten); hl++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int h2 = zonelist2[hl];
|
|
||||||
|
|
||||||
if (inyet2[h2] == 1) {
|
|
||||||
bool interior = true; /* Guilty until proven innocent */
|
|
||||||
for (int za = 0; za < z[h2].nadj; za ++) {
|
|
||||||
int link2 = z[h2].adj[za];
|
|
||||||
if ((inyet[link2]+inyet2[link2]) == 0) {
|
|
||||||
interior = false;
|
|
||||||
if (z[h2].slv[za] <= lowvol) {
|
|
||||||
if (!done_zones[link2]) { // Equivalent to p[z[link2].core].dens < p[z[h].core].dens)
|
|
||||||
beaten = true;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
zonelist2[nhl2] = link2;
|
|
||||||
inyet2[link2] = 1;
|
|
||||||
nhl2++;
|
|
||||||
added = true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (interior)
|
|
||||||
inyet2[h2] = 2;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
for (int hl = 0; hl < nhl2; hl++)
|
|
||||||
inyet2[zonelist2[hl]] = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* See if there's a beater */
|
|
||||||
if (beaten) {
|
|
||||||
z[h].leak = lowvol;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
for (int h2 = 0; h2 < nhl2; h2++) {
|
|
||||||
zonelist[nhl] = zonelist2[h2];
|
|
||||||
inyet[zonelist2[h2]] = 1;
|
|
||||||
nhl++;
|
|
||||||
z[h].npjoin += z[zonelist2[h2]].np;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (nhl/10000 > nhlcount) {
|
|
||||||
nhlcount = nhl/10000;
|
|
||||||
printf(" %d",nhl); FF;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} while((lowvol < BIGFLT) && (!beaten));
|
|
||||||
|
|
||||||
z[h].denscontrast = z[h].leak/p[z[h].core].dens;
|
|
||||||
if (z[h].denscontrast < 1.) z[h].denscontrast = 1.;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* find biggest denscontrast */
|
|
||||||
if (z[h].denscontrast > maxdenscontrast) {
|
|
||||||
maxdenscontrast = (double)z[h].denscontrast;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Don't sort; want the core zone to be first */
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nhlcount > 0) { /* Outputs the number of zones in large voids */
|
|
||||||
printf(" h%d:%d\n",h,nhl);
|
|
||||||
FF;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
/* Calculate volume */
|
|
||||||
z[h].voljoin = 0.;
|
|
||||||
z[h].zonelist = new int[nhl];
|
|
||||||
z[h].numzones = nhl;
|
|
||||||
for (int q = 0; q < nhl; q++) {
|
|
||||||
z[h].voljoin += z[zonelist[q]].vol;
|
|
||||||
z[h].zonelist[q] = zonelist[q];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
done_zones[h] = true;
|
|
||||||
z[h].nhl = nhl;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
delete[] zonelist;
|
|
||||||
delete[] zonelist2;
|
|
||||||
delete[] links;
|
|
||||||
delete[] iord;
|
|
||||||
|
|
||||||
cout << "Writing void/zone relations..." << endl;
|
|
||||||
for (int h = 0; h < numZones; h++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
zon2.write((char *)&z[h].nhl, sizeof(int));
|
|
||||||
zon2.write((char *)z[h].zonelist, z[h].nhl*sizeof(int));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
cout << format("Maxdenscontrast = %f.") % maxdenscontrast << endl;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
int main(int argc,char **argv)
|
int main(int argc,char **argv)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
@ -693,7 +112,8 @@ int main(int argc,char **argv)
|
||||||
cout << format("Densities range from %e to %e.") % minvol % maxvol << endl;
|
cout << format("Densities range from %e to %e.") % minvol % maxvol << endl;
|
||||||
FF;
|
FF;
|
||||||
|
|
||||||
doWatershed(zonfile2, p, np, z, nzones, maxvol, voltol);
|
doWatershed(p, np, z, nzones, maxvol, voltol);
|
||||||
|
writeVoidFile(zonfile2, z, nzones);
|
||||||
|
|
||||||
sorter = new double[nzones+1];
|
sorter = new double[nzones+1];
|
||||||
/* Assign sorter by probability (could use volume instead) */
|
/* Assign sorter by probability (could use volume instead) */
|
||||||
|
|
|
||||||
47
c_tools/zobov2/jozov2.hpp
Normal file
47
c_tools/zobov2/jozov2.hpp
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,47 @@
|
||||||
|
#ifndef __JOZOV2_HPP
|
||||||
|
#define __JOZOV2_HPP
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <string>
|
||||||
|
#include <exception>
|
||||||
|
#include "zobov.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
#define BIGFLT 1e30 /* Biggest possible floating-point number */
|
||||||
|
#define NLINKS 1000 /* Number of possible links with the same rho_sl */
|
||||||
|
#define FF cout.flush()
|
||||||
|
|
||||||
|
class FileError: virtual std::exception
|
||||||
|
{
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
void readAdjacencyFile(const std::string& adjfile, PARTICLE*& p, pid_t& np)
|
||||||
|
throw(FileError);
|
||||||
|
|
||||||
|
void readVolumeFile(const std::string& volfile, PARTICLE *p, pid_t np,
|
||||||
|
pid_t mockIndex)
|
||||||
|
throw(FileError);
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildInitialZones(PARTICLE *p, pid_t np, pid_t* jumped,
|
||||||
|
pid_t *numinh, pid_t& numZones);
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildZoneAdjacencies(PARTICLE *p, pid_t np,
|
||||||
|
ZONE *z, ZONET *zt,
|
||||||
|
int numZones,
|
||||||
|
pid_t *jumped,
|
||||||
|
int *zonenum,
|
||||||
|
int *numinh);
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildZones(PARTICLE *p, pid_t np, pid_t *&jumped,
|
||||||
|
ZONE*& z, int& nzones,
|
||||||
|
int*& zonenum);
|
||||||
|
|
||||||
|
void doWatershed(PARTICLE *p, pid_t np, ZONE *z, int numZones, float maxvol, float voltol);
|
||||||
|
|
||||||
|
void writeZoneFile(const std::string& zonfile, PARTICLE* p, pid_t np,
|
||||||
|
ZONE *z, int numZones, int* zonenum, int *jumped);
|
||||||
|
|
||||||
|
void writeVoidFile(const std::string& zonfile2, ZONE *z, int numZones);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
extern "C" void findrtop(double *a, int na, int *iord, int nb);
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
182
c_tools/zobov2/jozov2_io.cpp
Normal file
182
c_tools/zobov2/jozov2_io.cpp
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,182 @@
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include <string>
|
||||||
|
#include <boost/format.hpp>
|
||||||
|
#include "jozov2.hpp"
|
||||||
|
#include "zobov.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
using boost::format;
|
||||||
|
|
||||||
|
void readAdjacencyFile(const string& adjfile, PARTICLE*& p, pid_t& np)
|
||||||
|
throw(FileError)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ifstream adj(adjfile.c_str());
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!adj) {
|
||||||
|
cout << format("Unable to open %s") % adjfile << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
adj.read((char *)&np, sizeof(pid_t));
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << format("adj: %d particles") % np << endl;
|
||||||
|
FF;
|
||||||
|
|
||||||
|
p = new PARTICLE[np];
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Adjacencies*/
|
||||||
|
for (pid_t i=0; i < np; i++) {
|
||||||
|
adj.read((char*)&p[i].nadj, sizeof(pid_t));
|
||||||
|
if (!adj)
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
|
||||||
|
/* The number of adjacencies per particle */
|
||||||
|
if (p[i].nadj > 0)
|
||||||
|
p[i].adj = new pid_t[p[i].nadj];
|
||||||
|
else
|
||||||
|
p[i].adj = 0;
|
||||||
|
p[i].ncnt = 0; /* Temporarily, it's an adj counter */
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pid_t nin;
|
||||||
|
adj.read((char*)&nin, sizeof(pid_t));
|
||||||
|
if (!adj)
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nin > 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int k=0; k < nin; k++) {
|
||||||
|
pid_t j;
|
||||||
|
|
||||||
|
adj.read((char *)&j,sizeof(pid_t));
|
||||||
|
if (j < np)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/* Set both halves of the pair */
|
||||||
|
assert(i < j);
|
||||||
|
if (p[i].ncnt == p[i].nadj)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << format("OVERFLOW for particle %d (pending %d). List of accepted:") % i % j << endl;
|
||||||
|
for (int q = 0; q < p[i].nadj; q++)
|
||||||
|
cout << format(" %d") % p[i].adj[q] << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (p[j].ncnt == p[j].nadj)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << format("OVERFLOW for particle %d (pending %d). List of accepted:") % j % i << endl;
|
||||||
|
for (int q = 0; q < p[j].nadj; q++)
|
||||||
|
cout << format(" %d\n") % p[j].adj[q] << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
p[i].adj[p[i].ncnt] = j;
|
||||||
|
p[j].adj[p[j].ncnt] = i;
|
||||||
|
p[i].ncnt++;
|
||||||
|
p[j].ncnt++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << format("%d: adj = %d") % i % j << endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void readVolumeFile(const std::string& volfile, PARTICLE *p, pid_t np,
|
||||||
|
pid_t mockIndex)
|
||||||
|
throw(FileError)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ifstream vol(volfile.c_str());
|
||||||
|
pid_t np2;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!vol)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << "Unable to open volume file " << volfile << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
vol.read((char *)&np2, sizeof(pid_t));
|
||||||
|
if (np != np2) {
|
||||||
|
cout << format("Number of particles doesn't match! %d != %d") % np %np2 << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
cout << format("%d particles") % np << endl;
|
||||||
|
FF;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++) {
|
||||||
|
vol.read((char*)&p[i].dens, sizeof(float));
|
||||||
|
if (((p[i].dens < 1e-30) || (p[i].dens > 1e30)) && (i < mockIndex)) {
|
||||||
|
cout << format("Whacked-out volume found, of particle %d: %f") % i % p[i].dens << endl;
|
||||||
|
p[i].dens = 1.;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
p[i].dens = 1./p[i].dens; /* Get density from volume */
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void writeZoneFile(const std::string& zonfile, PARTICLE* p, pid_t np,
|
||||||
|
ZONE *z, int numZones, int* zonenum, int *jumped)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pid_t **m = new pid_t *[numZones];
|
||||||
|
pid_t *nm = new pid_t[numZones];
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Not in the zone struct since it'll be freed up (contiguously, we hope)
|
||||||
|
soon */
|
||||||
|
for (int h=0; h < numZones; h++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
m[h] = new pid_t[z[h].np];
|
||||||
|
nm[h] = 0;
|
||||||
|
z[h].vol = 0.;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int h = zonenum[jumped[i]];
|
||||||
|
if (z[h].core == i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
m[h][nm[h]] = m[h][0];
|
||||||
|
m[h][0] = i; /* Put the core particle at the top of the list */
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
m[h][nm[h]] = i;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
nm[h] ++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
delete[] nm;
|
||||||
|
|
||||||
|
ofstream zon(zonfile.c_str());
|
||||||
|
if (!zon)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << format("Problem opening zonefile %s.") % zonfile << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
zon.write((char *)&np, sizeof(pid_t));
|
||||||
|
zon.write((char *)&numZones, sizeof(int));
|
||||||
|
for (int h = 0; h < numZones; h++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
zon.write((char *)&(z[h].np), sizeof(pid_t));
|
||||||
|
zon.write((char *)m[h],z[h].np * sizeof(pid_t));
|
||||||
|
delete[] m[h];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
delete[] m;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void writeVoidFile(const string& zonfile2, ZONE *z, int numZones)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ofstream zon2(zonfile2.c_str());
|
||||||
|
if (!zon2)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << format("Problem opening zonefile %s.)") % zonfile2 << endl;
|
||||||
|
throw FileError();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
zon2.write((char *)&numZones,sizeof(int));
|
||||||
|
cout << "Writing void/zone relations..." << endl;
|
||||||
|
for (int h = 0; h < numZones; h++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
zon2.write((char *)&z[h].nhl, sizeof(int));
|
||||||
|
zon2.write((char *)z[h].zonelist, z[h].nhl*sizeof(int));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
222
c_tools/zobov2/jozov2_watershed.cpp
Normal file
222
c_tools/zobov2/jozov2_watershed.cpp
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,222 @@
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include <boost/format.hpp>
|
||||||
|
#include <string>
|
||||||
|
#include "jozov2.hpp"
|
||||||
|
#include "zobov.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
using boost::format;
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||||||
|
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||||||
|
void doWatershed(PARTICLE *p, pid_t np, ZONE *z, int numZones, float maxvol, float voltol)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char *inyet, *inyet2;
|
||||||
|
int *zonelist, *zonelist2;
|
||||||
|
int nhl;
|
||||||
|
int *links = new int[NLINKS];
|
||||||
|
int *iord;
|
||||||
|
float maxdenscontrast = 0;
|
||||||
|
bool *done_zones;
|
||||||
|
|
||||||
|
inyet = new char[numZones];
|
||||||
|
inyet2 = new char[numZones];
|
||||||
|
zonelist = new int[numZones];
|
||||||
|
zonelist2 = new int[numZones];
|
||||||
|
done_zones = new bool[numZones];
|
||||||
|
|
||||||
|
fill(inyet, inyet + numZones, 0);
|
||||||
|
fill(inyet2, inyet2 + numZones, 0);
|
||||||
|
fill(done_zones, done_zones + numZones, false);
|
||||||
|
|
||||||
|
double *sorter = new double[numZones+1];
|
||||||
|
/* Assign sorter by probability (could use volume instead) */
|
||||||
|
for (int h = 0; h < numZones; h++)
|
||||||
|
sorter[h] = (double)z[h].core;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Text output file */
|
||||||
|
|
||||||
|
printf("about to sort (pre-watershed sort) ...\n");FF;
|
||||||
|
|
||||||
|
iord = new int[numZones];
|
||||||
|
|
||||||
|
findrtop(sorter, numZones, iord, numZones);
|
||||||
|
delete[] sorter;
|
||||||
|
|
||||||
|
nhl = 0;
|
||||||
|
for (int ii = 0; ii < numZones; ii++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int nhlcount = 0;
|
||||||
|
int h = iord[ii];
|
||||||
|
float lowvol;
|
||||||
|
bool beaten;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int hl = 0; hl < nhl; hl++)
|
||||||
|
inyet[zonelist[hl]] = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
zonelist[0] = h;
|
||||||
|
inyet[h] = 1;
|
||||||
|
nhl = 1;
|
||||||
|
z[h].npjoin = z[h].np;
|
||||||
|
do {
|
||||||
|
/* Find the lowest-volume (highest-density) adjacency */
|
||||||
|
int nl = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
beaten = false;
|
||||||
|
lowvol = BIGFLT;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int hl = 0; hl < nhl; hl++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int h2 = zonelist[hl];
|
||||||
|
if (inyet[h2] == 1) { /* If it's not already identified as
|
||||||
|
an interior zone, with inyet=2 */
|
||||||
|
bool interior = true;
|
||||||
|
for (int za = 0; za < z[h2].nadj; za++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (inyet[z[h2].adj[za]] == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
interior = false;
|
||||||
|
if (z[h2].slv[za] == lowvol)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
links[nl] = z[h2].adj[za];
|
||||||
|
nl ++;
|
||||||
|
if (nl == NLINKS)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("Too many links with the same rho_sl! Increase NLINKS from %d\n",nl);
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (z[h2].slv[za] < lowvol)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
lowvol = z[h2].slv[za];
|
||||||
|
links[0] = z[h2].adj[za];
|
||||||
|
nl = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (interior)
|
||||||
|
inyet[h2] = 2; /* No bordering exter. zones */
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nl == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
beaten = true;
|
||||||
|
z[h].leak = maxvol;
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lowvol > voltol)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
beaten = true;
|
||||||
|
z[h].leak = lowvol;
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int l = 0; l < nl; l++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (!done_zones[links[l]]) /* Equivalent to p[z[links[l]].core].dens < p[z[h].core].dens) as zones are sorted. */
|
||||||
|
beaten = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (beaten)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
z[h].leak = lowvol;
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Add everything linked to the link(s) */
|
||||||
|
int nhl2 = 0;
|
||||||
|
for (int l = 0; l < nl; l++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (inyet2[links[l]] == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
zonelist2[nhl2] = links[l];
|
||||||
|
inyet2[links[l]] = 1;
|
||||||
|
nhl2 ++;
|
||||||
|
bool added = true;
|
||||||
|
while (added && !beaten)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
added = false;
|
||||||
|
for (int hl = 0; (hl < nhl2) && (!beaten); hl++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int h2 = zonelist2[hl];
|
||||||
|
|
||||||
|
if (inyet2[h2] == 1) {
|
||||||
|
bool interior = true; /* Guilty until proven innocent */
|
||||||
|
for (int za = 0; za < z[h2].nadj; za ++) {
|
||||||
|
int link2 = z[h2].adj[za];
|
||||||
|
if ((inyet[link2]+inyet2[link2]) == 0) {
|
||||||
|
interior = false;
|
||||||
|
if (z[h2].slv[za] <= lowvol) {
|
||||||
|
if (!done_zones[link2]) { // Equivalent to p[z[link2].core].dens < p[z[h].core].dens)
|
||||||
|
beaten = true;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
zonelist2[nhl2] = link2;
|
||||||
|
inyet2[link2] = 1;
|
||||||
|
nhl2++;
|
||||||
|
added = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (interior)
|
||||||
|
inyet2[h2] = 2;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (int hl = 0; hl < nhl2; hl++)
|
||||||
|
inyet2[zonelist2[hl]] = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* See if there's a beater */
|
||||||
|
if (beaten) {
|
||||||
|
z[h].leak = lowvol;
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int h2 = 0; h2 < nhl2; h2++) {
|
||||||
|
zonelist[nhl] = zonelist2[h2];
|
||||||
|
inyet[zonelist2[h2]] = 1;
|
||||||
|
nhl++;
|
||||||
|
z[h].npjoin += z[zonelist2[h2]].np;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (nhl/10000 > nhlcount) {
|
||||||
|
nhlcount = nhl/10000;
|
||||||
|
printf(" %d",nhl); FF;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} while((lowvol < BIGFLT) && (!beaten));
|
||||||
|
|
||||||
|
z[h].denscontrast = z[h].leak/p[z[h].core].dens;
|
||||||
|
if (z[h].denscontrast < 1.) z[h].denscontrast = 1.;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* find biggest denscontrast */
|
||||||
|
if (z[h].denscontrast > maxdenscontrast) {
|
||||||
|
maxdenscontrast = (double)z[h].denscontrast;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Don't sort; want the core zone to be first */
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nhlcount > 0) { /* Outputs the number of zones in large voids */
|
||||||
|
printf(" h%d:%d\n",h,nhl);
|
||||||
|
FF;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
/* Calculate volume */
|
||||||
|
z[h].voljoin = 0.;
|
||||||
|
z[h].zonelist = new int[nhl];
|
||||||
|
z[h].numzones = nhl;
|
||||||
|
for (int q = 0; q < nhl; q++) {
|
||||||
|
z[h].voljoin += z[zonelist[q]].vol;
|
||||||
|
z[h].zonelist[q] = zonelist[q];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
done_zones[h] = true;
|
||||||
|
z[h].nhl = nhl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
delete[] zonelist;
|
||||||
|
delete[] zonelist2;
|
||||||
|
delete[] links;
|
||||||
|
delete[] iord;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << format("Maxdenscontrast = %f.") % maxdenscontrast << endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
197
c_tools/zobov2/jozov2_zones.cpp
Normal file
197
c_tools/zobov2/jozov2_zones.cpp
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,197 @@
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include "jozov2.hpp"
|
||||||
|
#include "zobov.hpp"
|
||||||
|
#include <boost/format.hpp>
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
using boost::format;
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildInitialZones(PARTICLE *p, pid_t np, pid_t* jumped,
|
||||||
|
pid_t *numinh, pid_t& numZones)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pid_t *jumper = new pid_t[np];
|
||||||
|
float minvol;
|
||||||
|
|
||||||
|
/* find jumper */
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++) {
|
||||||
|
PARTICLE& cur_p = p[i];
|
||||||
|
|
||||||
|
minvol = cur_p.dens;
|
||||||
|
jumper[i] = -1;
|
||||||
|
for (int j = 0; j < cur_p.nadj; j++) {
|
||||||
|
if (p[cur_p.adj[j]].dens < minvol) {
|
||||||
|
jumper[i] = cur_p.adj[j];
|
||||||
|
minvol = p[jumper[i]].dens;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
numinh[i] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
(cout << "About to jump ... " << endl).flush();
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Jump */
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++) {
|
||||||
|
jumped[i] = i;
|
||||||
|
while (jumper[jumped[i]] > -1)
|
||||||
|
jumped[i] = jumper[jumped[i]];
|
||||||
|
numinh[jumped[i]]++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
(cout << "Post-jump ..." << endl).flush();
|
||||||
|
|
||||||
|
numZones = 0;
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
||||||
|
if (numinh[i] > 0)
|
||||||
|
numZones++;
|
||||||
|
cout << format("%d initial zones found") % numZones << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
delete[] jumper;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildZoneAdjacencies(PARTICLE *p, pid_t np,
|
||||||
|
ZONE *z, ZONET *zt,
|
||||||
|
int numZones,
|
||||||
|
pid_t *jumped,
|
||||||
|
int *zonenum,
|
||||||
|
int *numinh)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/* Count border particles */
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
||||||
|
for (int j = 0; j < p[i].nadj; j++) {
|
||||||
|
pid_t testpart = p[i].adj[j];
|
||||||
|
if (jumped[i] != jumped[testpart])
|
||||||
|
zt[zonenum[jumped[i]]].nadj++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int h = 0; h < numZones; h++) {
|
||||||
|
zt[h].adj = new pid_t[zt[h].nadj];
|
||||||
|
zt[h].slv = new float[zt[h].nadj];
|
||||||
|
zt[h].nadj = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch(const std::bad_alloc& a)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cout << "Could not allocate memory for zone adjacencies." << endl;
|
||||||
|
throw a;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Find "weakest links" */
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int h = zonenum[jumped[i]];
|
||||||
|
ZONET& zt_h = zt[h];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int j = 0; j < p[i].nadj; j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pid_t testpart = p[i].adj[j];
|
||||||
|
bool already;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (h != zonenum[jumped[testpart]]) {
|
||||||
|
if (p[testpart].dens > p[i].dens) {
|
||||||
|
/* there could be a weakest link through testpart */
|
||||||
|
already = false;
|
||||||
|
for (int za = 0; za < zt_h.nadj; za++)
|
||||||
|
if (zt_h.adj[za] == zonenum[jumped[testpart]]) {
|
||||||
|
already = true;
|
||||||
|
if (p[testpart].dens < zt_h.slv[za]) {
|
||||||
|
zt_h.slv[za] = p[testpart].dens;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (!already) {
|
||||||
|
zt_h.adj[zt_h.nadj] = zonenum[jumped[testpart]];
|
||||||
|
zt_h.slv[zt_h.nadj] = p[testpart].dens;
|
||||||
|
zt_h.nadj++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else { /* There could be a weakest link through i */
|
||||||
|
already = false;
|
||||||
|
for (int za = 0; za < zt_h.nadj; za++)
|
||||||
|
if (zt_h.adj[za] == zonenum[jumped[testpart]]) {
|
||||||
|
already = true;
|
||||||
|
if (p[i].dens < zt_h.slv[za]) {
|
||||||
|
zt_h.slv[za] = p[i].dens;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (!already) {
|
||||||
|
zt_h.adj[zt_h.nadj] = zonenum[jumped[testpart]];
|
||||||
|
zt_h.slv[zt_h.nadj] = p[i].dens;
|
||||||
|
zt_h.nadj++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
(cout <<"Found zone adjacencies" << endl).flush();
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Free particle adjacencies */
|
||||||
|
for (pid_t i = 0; i < np; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (p[i].adj != 0)
|
||||||
|
delete[] p[i].adj;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* Use z instead of zt */
|
||||||
|
for (int h = 0; h < numZones; h++) {
|
||||||
|
z[h].nadj = zt[h].nadj;
|
||||||
|
z[h].adj = new pid_t[zt[h].nadj];
|
||||||
|
z[h].slv = new float[zt[h].nadj];
|
||||||
|
for (int za = 0; za < zt[h].nadj; za++) {
|
||||||
|
z[h].adj[za] = zt[h].adj[za];
|
||||||
|
z[h].slv[za] = zt[h].slv[za];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
delete[] zt[h].adj;
|
||||||
|
delete[] zt[h].slv;
|
||||||
|
z[h].np = numinh[z[h].core];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildZones(PARTICLE *p, pid_t np, pid_t *&jumped,
|
||||||
|
ZONE*& z, int& nzones,
|
||||||
|
int*& zonenum)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pid_t *numinh;
|
||||||
|
ZONET *zt;
|
||||||
|
|
||||||
|
jumped = new pid_t[np];
|
||||||
|
numinh = new pid_t[np];
|
||||||
|
|
||||||
|
buildInitialZones(p, np, jumped, numinh, nzones);
|
||||||
|
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
z = new ZONE[nzones];
|
||||||
|
zt = new ZONET[nzones];
|
||||||
|
zonenum = new int[np];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
catch (const std::bad_alloc& e)
|
||||||
|
{
|
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cout << "Unable to do zone allocations" << endl;
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throw e;
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}
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int h = 0;
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for (pid_t i = 0; i < np; i++)
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{
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if (numinh[i] > 0) {
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z[h].core = i;
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zonenum[i] = h;
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h++;
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} else {
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zonenum[i] = -1;
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}
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}
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buildZoneAdjacencies(p, np, z, zt,
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nzones, jumped, zonenum, numinh);
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delete[] zt;
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delete[] numinh;
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for (pid_t i=0; i < np; i++) {
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int h = zonenum[i];
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z[h].vol += 1.0/(double)p[i].dens;
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z[h].numzones = 0;
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z[h].zonelist = 0;
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}
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}
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