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https://bitbucket.org/cosmicvoids/vide_public.git
synced 2025-07-05 07:41:11 +00:00
Imported Healpix, cfitsio, cosmotool. Added cmake tool to build dependencies (cfitsio, hdf5, netcdf, boost, healpix, gsl, ..). Adjusted CMakeLists.txt
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Guilhem Lavaux
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4bfb62f177
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51f6798f88
241 changed files with 243806 additions and 0 deletions
349
external/cosmotool/src/loadGadget.cpp
vendored
Normal file
349
external/cosmotool/src/loadGadget.cpp
vendored
Normal file
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@ -0,0 +1,349 @@
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#include <cmath>
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#include <iostream>
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#include <assert.h>
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#include <stdio.h>
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#include <stdlib.h>
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#include "load_data.hpp"
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#include "loadGadget.hpp"
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#include "fortran.hpp"
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using namespace CosmoTool;
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using namespace std;
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PurePositionData *CosmoTool::loadGadgetPosition(const char *fname)
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{
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PurePositionData *data;
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int p, n;
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UnformattedRead f(fname);
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GadgetHeader h;
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data = new PurePositionData;
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f.beginCheckpoint();
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||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
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||||
h.npart[i] = f.readInt32();
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
h.mass[i] = f.readReal64();
|
||||
h.time = f.readReal64();
|
||||
h.redshift = f.readReal64();
|
||||
h.flag_sfr = f.readInt32();
|
||||
h.flag_feedback = f.readInt32();
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
h.npartTotal[i] = f.readInt32();
|
||||
h.flag_cooling = f.readInt32();
|
||||
h.num_files = f.readInt32();
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||||
data->BoxSize = h.BoxSize = f.readReal64();
|
||||
h.Omega0 = f.readReal64();
|
||||
h.OmegaLambda = f.readReal64();
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||||
h.HubbleParam = f.readReal64();
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||||
f.endCheckpoint(true);
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||||
data->NumPart = 0;
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||||
for(int k=0; k<5; k++)
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||||
data->NumPart += h.npart[k];
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||||
data->pos = new FCoordinates[data->NumPart];
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||||
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||||
f.beginCheckpoint();
|
||||
for(int k = 0, p = 0; k < 5; k++) {
|
||||
for(int n = 0; n < h.npart[k]; n++) {
|
||||
data->pos[p][0] = f.readReal32();
|
||||
data->pos[p][1] = f.readReal32();
|
||||
data->pos[p][2] = f.readReal32();
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
f.endCheckpoint();
|
||||
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||||
// Skip velocities
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||||
f.skip((long)data->NumPart*3+2*4);
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||||
// Skip ids
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return data;
|
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}
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SimuData *CosmoTool::loadGadgetMulti(const char *fname, int id, int loadflags, int GadgetFormat)
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||||
{
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||||
SimuData *data;
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||||
int p, n;
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||||
UnformattedRead *f;
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||||
GadgetHeader h;
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float velmul;
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if (id >= 0) {
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int k = snprintf(0, 0, "%s.%d", fname, id)+1;
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||||
char *out_fname = new char[k];
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||||
snprintf(out_fname, k, "%s.%d", fname, id);
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||||
f = new UnformattedRead(out_fname);
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||||
if (f == 0)
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return 0;
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delete out_fname;
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} else {
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f = new UnformattedRead(fname);
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||||
if (f == 0)
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
}
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||||
data = new SimuData;
|
||||
if (data == 0) {
|
||||
delete f;
|
||||
return 0;
|
||||
}
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||||
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||||
long NumPart = 0, NumPartTotal = 0;
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||||
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
h.npart[i] = f->readInt32();
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
h.mass[i] = f->readReal64();
|
||||
data->time = h.time = f->readReal64();
|
||||
h.redshift = f->readReal64();
|
||||
h.flag_sfr = f->readInt32();
|
||||
h.flag_feedback = f->readInt32();
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
h.npartTotal[i] = f->readInt32();
|
||||
h.flag_cooling = f->readInt32();
|
||||
h.num_files = f->readInt32();
|
||||
data->BoxSize = h.BoxSize = f->readReal64();
|
||||
data->Omega_M = h.Omega0 = f->readReal64();
|
||||
data->Omega_Lambda = h.OmegaLambda = f->readReal64();
|
||||
data->Hubble = h.HubbleParam = f->readReal64();
|
||||
f->endCheckpoint(true);
|
||||
|
||||
for(int k=0; k<6; k++)
|
||||
{
|
||||
NumPart += h.npart[k];
|
||||
NumPartTotal += (id < 0) ? h.npart[k] : h.npartTotal[k];
|
||||
}
|
||||
data->NumPart = NumPart;
|
||||
data->TotalNumPart = NumPartTotal;
|
||||
if (GadgetFormat == 1)
|
||||
velmul = sqrt(h.time);
|
||||
else if (GadgetFormat == 2)
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||||
velmul = 1/(h.time);
|
||||
else {
|
||||
cerr << "unknown gadget format" << endl;
|
||||
abort();
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||||
}
|
||||
}
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||||
catch (const InvalidUnformattedAccess& e)
|
||||
{
|
||||
cerr << "Invalid format while reading header" << endl;
|
||||
delete data;
|
||||
delete f;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (loadflags & NEED_TYPE)
|
||||
{
|
||||
int p = 0;
|
||||
|
||||
data->type = new int[data->NumPart];
|
||||
for (int k = 0; k < 6; k++)
|
||||
for (int n = 0; n < h.npart[k]; n++,p++)
|
||||
data->type[p] = k;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (loadflags & NEED_POSITION) {
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < 3; i++) {
|
||||
data->Pos[i] = new float[data->NumPart];
|
||||
if (data->Pos[i] == 0) {
|
||||
delete data;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for(int k = 0, p = 0; k < 6; k++) {
|
||||
for(int n = 0; n < h.npart[k]; n++) {
|
||||
data->Pos[0][p] = f->readReal32();
|
||||
data->Pos[1][p] = f->readReal32();
|
||||
data->Pos[2][p] = f->readReal32();
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
}
|
||||
catch (const InvalidUnformattedAccess& e)
|
||||
{
|
||||
cerr << "Invalid format while reading positions" << endl;
|
||||
delete f;
|
||||
delete data;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
// Skip positions
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||||
f->skip(NumPart * 3 * sizeof(float) + 2*4);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (loadflags & NEED_VELOCITY) {
|
||||
for (int i = 0; i < 3; i++)
|
||||
{
|
||||
data->Vel[i] = new float[data->NumPart];
|
||||
if (data->Vel[i] == 0)
|
||||
{
|
||||
delete f;
|
||||
delete data;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for(int k = 0, p = 0; k < 6; k++) {
|
||||
for(int n = 0; n < h.npart[k]; n++) {
|
||||
// THIS IS GADGET 1
|
||||
data->Vel[0][p] = f->readReal32()*velmul;
|
||||
data->Vel[1][p] = f->readReal32()*velmul;
|
||||
data->Vel[2][p] = f->readReal32()*velmul;
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
}
|
||||
catch (const InvalidUnformattedAccess& e)
|
||||
{
|
||||
cerr << "Invalid format while reading velocities" << endl;
|
||||
delete f;
|
||||
delete data;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
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||||
// THE VELOCITIES ARE IN PHYSICAL COORDINATES
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||||
/// // TODO: FIX THE UNITS OF THESE FUNKY VELOCITIES !!!
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||||
} else {
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||||
// Skip velocities
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||||
f->skip(NumPart*3*sizeof(float)+2*4);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Skip ids
|
||||
if (loadflags & NEED_GADGET_ID) {
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
data->Id = new int[data->NumPart];
|
||||
if (data->Id == 0)
|
||||
{
|
||||
delete f;
|
||||
delete data;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(int k = 0, p = 0; k < 6; k++)
|
||||
{
|
||||
for(int n = 0; n < h.npart[k]; n++)
|
||||
{
|
||||
data->Id[p] = f->readInt32();
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
}
|
||||
catch (const InvalidUnformattedAccess& e)
|
||||
{
|
||||
cerr << "Invalid formatted while reading ID" << endl;
|
||||
delete f;
|
||||
delete data;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
f->skip(2*4);
|
||||
for (int k = 0; k < 6; k++)
|
||||
f->skip(h.npart[k]*4);
|
||||
}
|
||||
|
||||
delete f;
|
||||
|
||||
return data;
|
||||
}
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||||
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void CosmoTool::writeGadget(const char *fname, SimuData *data, int GadgetFormat)
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{
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UnformattedWrite *f;
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||||
int npart[6];
|
||||
float mass[6];
|
||||
|
||||
if (data->Pos[0] == 0 || data->Vel[0] == 0 || data->Id == 0)
|
||||
return;
|
||||
|
||||
f = new UnformattedWrite(fname);
|
||||
if (f == 0)
|
||||
return;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
{
|
||||
npart[i] = 0;
|
||||
mass[i] = 0;
|
||||
}
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||||
mass[1] = 1.0;
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||||
|
||||
npart[1] = data->NumPart;
|
||||
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
f->writeInt32(npart[i]);
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
f->writeReal64(mass[i]);
|
||||
|
||||
f->writeReal64(data->time);
|
||||
f->writeReal64(1/data->time-1);
|
||||
f->writeInt32(0);
|
||||
f->writeInt32(0);
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < 6; i++)
|
||||
f->writeInt32(npart[i]);
|
||||
f->writeInt32(0);
|
||||
f->writeInt32(1);
|
||||
f->writeReal64(data->BoxSize);
|
||||
f->writeReal64(data->Omega_M);
|
||||
f->writeReal64(data->Omega_Lambda);
|
||||
f->writeReal64(data->Hubble);
|
||||
char buf[100] = { 0, };
|
||||
f->writeOrderedBuffer(buf, 96);
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for(int n = 0; n < data->NumPart; n++) {
|
||||
for (int k = 0; k < 3; k++)
|
||||
f->writeReal32(data->Pos[k][n]);
|
||||
}
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
|
||||
float velmul = 1.0;
|
||||
if (GadgetFormat == 1)
|
||||
velmul = sqrt(data->time);
|
||||
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for(int n = 0; n < data->NumPart; n++) {
|
||||
for (int k = 0; k < 3; k++)
|
||||
f->writeReal32(data->Vel[k][n]/velmul);
|
||||
}
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
|
||||
f->beginCheckpoint();
|
||||
for(int n = 0; n < data->NumPart; n++)
|
||||
{
|
||||
f->writeInt32(data->Id[n]);
|
||||
}
|
||||
f->endCheckpoint();
|
||||
delete f;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
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