Imported all simu data loaders. loadRamses uses UnformattedRead now
This commit is contained in:
Guilhem Lavaux
parent
659cb9affe
commit
db5e9b5cde
@ -9,65 +9,13 @@
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||||
#include <string>
|
||||
#include <fstream>
|
||||
#include "loadRamses.hpp"
|
||||
#include "load_data.h"
|
||||
#include "load_data.hpp"
|
||||
#include "fortran.hpp"
|
||||
#include <map>
|
||||
|
||||
using namespace std;
|
||||
|
||||
#if 0
|
||||
#define read_buf(b, n) \
|
||||
{ \
|
||||
int k; \
|
||||
control_size -= n; \
|
||||
for (k = (n-1); k >= 0; k--) \
|
||||
infile.read(&b[k],1); \
|
||||
}
|
||||
#else
|
||||
#define read_buf(b, n) \
|
||||
{ \
|
||||
int k; \
|
||||
control_size -= n; \
|
||||
for (k = 0; k < n; k++) \
|
||||
infile.read(&b[k], 1); \
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#define read_int(i) \
|
||||
{ \
|
||||
char *o = (char*)&(i); \
|
||||
read_buf(o, 4); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define read_real(f) \
|
||||
{ \
|
||||
char *o = (char*)&(f); \
|
||||
read_buf(o, 4); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define read_characters(c, n) { \
|
||||
int k; \
|
||||
control_size -= n; \
|
||||
infile.read(c, n); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define push_dummy_control(id) \
|
||||
{ int control_size = 0;
|
||||
|
||||
#define pop_dummy_control() }
|
||||
|
||||
#define push_control(id) \
|
||||
{ \
|
||||
int control_size = 0; \
|
||||
int control_size2 = 0; \
|
||||
char *intbuf = (char*)&control_size; \
|
||||
read_int(control_size);
|
||||
|
||||
#define pop_control(id) \
|
||||
assert(control_size == 0); \
|
||||
read_int(control_size2); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
GadgetData *CosmoTool::loadRamses(const char *name)
|
||||
CosmoTool::GadgetData *CosmoTool::loadRamses(const char *name)
|
||||
{
|
||||
GadgetData *gd = (GadgetData *)malloc(sizeof(GadgetData));
|
||||
int id = 1;
|
||||
@ -81,29 +29,34 @@ GadgetData *CosmoTool::loadRamses(const char *name)
|
||||
string fname = ss_fname.str();
|
||||
|
||||
cout << " ... " << fname << endl;
|
||||
|
||||
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||
if (!infile)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
push_control(CPU);
|
||||
read_int(nCpu);
|
||||
pop_control(CPU);
|
||||
|
||||
push_control(DIM);
|
||||
read_int(ndim);
|
||||
pop_control(DIM);
|
||||
|
||||
push_control(NPAR);
|
||||
read_int(nPar);
|
||||
pop_control(NPAR);
|
||||
|
||||
cout << " NUMCPU=" << nCpu << " NUMDIM=" << ndim << " NumPart=" << nPar << endl;
|
||||
|
||||
totPart += nPar;
|
||||
id++;
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
UnformattedRead infile(fname);
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nCpu = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
ndim = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nPar = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
cout << " NUMCPU=" << nCpu << " NUMDIM=" << ndim << " NumPart=" << nPar << endl;
|
||||
|
||||
totPart += nPar;
|
||||
id++;
|
||||
}
|
||||
catch (const NoSuchFileException& e)
|
||||
{
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (totPart <= ((~(size_t)0)/sizeof(ParticleState)));
|
||||
@ -139,82 +92,88 @@ GadgetData *CosmoTool::loadRamses(const char *name)
|
||||
cout << " ... " << id;
|
||||
cout.flush();
|
||||
|
||||
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||
if (!infile)
|
||||
break;
|
||||
try {
|
||||
UnformattedRead infile(fname);
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nCpu = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
ndim = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nPar = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
ParticleState *s = &gd->particles[curPos];
|
||||
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--,s++)
|
||||
s->Mass = 1.0;
|
||||
|
||||
s = &gd->particles[curPos];
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
s->Pos[0] = infile.readReal32();
|
||||
s->Pos[0] *= gd->header.BoxSize;
|
||||
s++;
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
push_control(CPU);
|
||||
read_int(nCpu);
|
||||
pop_control(CPU);
|
||||
|
||||
push_control(DIM);
|
||||
read_int(ndim);
|
||||
pop_control(DIM);
|
||||
|
||||
push_control(NPAR);
|
||||
read_int(nPar);
|
||||
pop_control(NPAR);
|
||||
|
||||
ParticleState *s = &gd->particles[curPos];
|
||||
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--,s++)
|
||||
s->Mass = 1.0;
|
||||
|
||||
s = &gd->particles[curPos];
|
||||
push_control(POSX);
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
s = &gd->particles[curPos];
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
read_real(s->Pos[0]);
|
||||
s->Pos[0] *= gd->header.BoxSize;
|
||||
s++;
|
||||
}
|
||||
pop_control(POSX);
|
||||
|
||||
s = &gd->particles[curPos];
|
||||
push_control(POSY);
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
read_real(s->Pos[1]);
|
||||
s->Pos[1] = infile.readReal32();
|
||||
s->Pos[1] *= gd->header.BoxSize;
|
||||
s++;
|
||||
}
|
||||
pop_control(POSY);
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
s = &gd->particles[curPos];
|
||||
push_control(POSZ);
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
s = &gd->particles[curPos];
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
s->Pos[2] = infile.readReal32();
|
||||
s->Pos[2] *= gd->header.BoxSize;
|
||||
s++;
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
gd->particles[curPos+i].Vel[0] = infile.readReal32();
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
gd->particles[curPos+i].Vel[1] = infile.readReal32();
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
gd->particles[curPos+i].Vel[2] = infile.readReal32();
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
curPos += nPar;
|
||||
}
|
||||
catch (const NoSuchFileException& e)
|
||||
{
|
||||
read_real(s->Pos[2]);
|
||||
s->Pos[2] *= gd->header.BoxSize;
|
||||
s++;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
pop_control(POSZ);
|
||||
|
||||
push_control(VELX);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
read_real(gd->particles[curPos+i].Vel[0]);
|
||||
}
|
||||
pop_control(VELX);
|
||||
|
||||
push_control(VELY);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
read_real(gd->particles[curPos+i].Vel[1]);
|
||||
}
|
||||
pop_control(VELY);
|
||||
|
||||
push_control(VELZ);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
read_real(gd->particles[curPos+i].Vel[2]);
|
||||
}
|
||||
pop_control(VELZ);
|
||||
|
||||
curPos += nPar;
|
||||
|
||||
|
||||
id++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -286,7 +245,7 @@ int readInfoFile(const char *basename, int outputId, InfoData& info)
|
||||
return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
PurePositionData *CosmoTool::loadRamsesPosition(const char *basename, int outputId)
|
||||
CosmoTool::PurePositionData *CosmoTool::loadRamsesPosition(const char *basename, int outputId)
|
||||
{
|
||||
PurePositionData *gd = (PurePositionData *)malloc(sizeof(PurePositionData));
|
||||
int id = 1;
|
||||
@ -311,28 +270,35 @@ PurePositionData *CosmoTool::loadRamsesPosition(const char *basename, int output
|
||||
|
||||
cout << " ... " << fname << endl;
|
||||
|
||||
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||
if (!infile)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
int ndim, nPar;
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
UnformattedRead infile(fname);
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nCpu = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
ndim = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nPar = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
cout << " NUMCPU=" << nCpu << " NUMDIM=" << ndim << " NumPart=" << nPar << endl;
|
||||
|
||||
totPart += nPar;
|
||||
id++;
|
||||
}
|
||||
catch (const NoSuchFileException& e)
|
||||
{
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
|
||||
push_control(CPU);
|
||||
read_int(nCpu);
|
||||
pop_control(CPU);
|
||||
|
||||
push_control(DIM);
|
||||
read_int(ndim);
|
||||
pop_control(DIM);
|
||||
|
||||
push_control(NPAR);
|
||||
read_int(nPar);
|
||||
pop_control(NPAR);
|
||||
|
||||
cout << " NUMCPU=" << nCpu << " NUMDIM=" << ndim << " NumPart=" << nPar << endl;
|
||||
|
||||
totPart += nPar;
|
||||
id++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
assert (totPart <= ((~(size_t)0)/sizeof(FCoordinates)));
|
||||
@ -359,87 +325,75 @@ PurePositionData *CosmoTool::loadRamsesPosition(const char *basename, int output
|
||||
cout << " ... " << id;
|
||||
cout.flush();
|
||||
|
||||
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||
if (!infile)
|
||||
break;
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
push_control(CPU);
|
||||
read_int(nCpu);
|
||||
pop_control(CPU);
|
||||
|
||||
push_control(DIM);
|
||||
read_int(ndim);
|
||||
pop_control(DIM);
|
||||
|
||||
push_control(NPAR);
|
||||
read_int(nPar);
|
||||
pop_control(NPAR);
|
||||
|
||||
FCoordinates *s = new FCoordinates[nPar];
|
||||
|
||||
push_control(POSX);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
try
|
||||
{
|
||||
read_real(s[i][0]);
|
||||
s[i][0] *= gd->BoxSize;
|
||||
}
|
||||
pop_control(POSX);
|
||||
UnformattedRead infile(fname);
|
||||
|
||||
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nCpu = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
ndim = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
nPar = infile.readInt32();
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
|
||||
push_control(POSY);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
read_real(s[i][1]);
|
||||
s[i][1] *= gd->BoxSize;
|
||||
}
|
||||
pop_control(POSY);
|
||||
FCoordinates *s = new FCoordinates[nPar];
|
||||
|
||||
for (int k = 0; k < 3; k++)
|
||||
{
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
s[i][k] = infile.readReal32();
|
||||
s[i][k] *= gd->BoxSize;
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
}
|
||||
|
||||
push_control(POSZ);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
read_real(s[i][2]);
|
||||
s[i][2] *= gd->BoxSize;
|
||||
}
|
||||
pop_control(POSZ);
|
||||
|
||||
// SKIP VELOCITIES
|
||||
for (int k = 0; k < 3; k++) {
|
||||
push_control(V);
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
float dummyF;
|
||||
read_real(dummyF);
|
||||
// SKIP VELOCITIES
|
||||
for (int k = 0; k < 3; k++) {
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
infile.readReal32();
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
}
|
||||
pop_control(V);
|
||||
}
|
||||
|
||||
float minMass = INFINITY;
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
{
|
||||
float dummyF = infile.readReal32();
|
||||
if (dummyF < minMass) minMass = dummyF;
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
infile.beginCheckpoint();
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
int id = infile.readInt32();
|
||||
id--;
|
||||
assert(id >= 0);
|
||||
assert(id < totPart);
|
||||
memcpy(&gd->pos[id], &s[i], sizeof(FCoordinates));
|
||||
}
|
||||
infile.endCheckpoint();
|
||||
|
||||
float minMass = INFINITY;
|
||||
push_control(MASS);
|
||||
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||
delete[] s;
|
||||
|
||||
curPos += nPar;
|
||||
} catch (const NoSuchFileException& e)
|
||||
{
|
||||
float dummyF;
|
||||
read_real(dummyF);
|
||||
if (dummyF < minMass) minMass = dummyF;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
pop_control(MASS);
|
||||
|
||||
push_control(ID);
|
||||
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||
{
|
||||
int id;
|
||||
read_int(id);
|
||||
id--;
|
||||
assert(id >= 0);
|
||||
assert(id < totPart);
|
||||
memcpy(&gd->pos[id], &s[i], sizeof(FCoordinates));
|
||||
}
|
||||
pop_control(ID);
|
||||
|
||||
delete[] s;
|
||||
|
||||
curPos += nPar;
|
||||
|
||||
id++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@ -1,7 +1,7 @@
|
||||
#ifndef _LOAD_RAMSES_HPP
|
||||
#define _LOAD_RAMSES_HPP
|
||||
|
||||
#include "load_data.h"
|
||||
#include "load_data.hpp"
|
||||
|
||||
namespace CosmoTool {
|
||||
|
||||
|
||||
635
src/load_data.cpp
Normal file
635
src/load_data.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,635 @@
|
||||
#include <assert.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include "load_data.hpp"
|
||||
|
||||
using namespace CosmoTool;
|
||||
|
||||
//#define LARGE_CONTROL
|
||||
#define LITTLE_ENDIAN
|
||||
|
||||
#define NEW(t,n) ((t *)malloc(sizeof(t)*n))
|
||||
#define SKIP(f) fread(&dummy,sizeof(dummy),1,f);
|
||||
#define WRITE_DUM(f) fwrite(&dummy, sizeof(dummy),1,f);
|
||||
|
||||
static int dummy;
|
||||
|
||||
void CosmoTool::writeGadget(GadgetData *data, const char *fname)
|
||||
{
|
||||
FILE *f;
|
||||
int k, n, p;
|
||||
|
||||
f = fopen(fname, "w");
|
||||
if (f == NULL) {
|
||||
fprintf(stderr, "Cannot write gadget to file %s\n", fname);
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
dummy = 256;
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
fwrite(&data->header, sizeof(data->header), 1, f);
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
dummy = sizeof(float)*3*data->NumPart;
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
for(k=0,p=0;k<5;k++) {
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++) {
|
||||
fwrite(&data->particles[p].Pos[0], sizeof(float), 3, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
dummy = sizeof(float)*3*data->NumPart;
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
for(k=0,p=0;k<6;k++) {
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++) {
|
||||
fwrite(&data->particles[p].Vel[0], sizeof(float), 3, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
dummy = sizeof(int)*data->NumPart;
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
for(k=0,p=0;k<6;k++)
|
||||
{
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++)
|
||||
{
|
||||
fwrite(&data->particles[p].Id, sizeof(int), 1, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
if(data->ntot_withmasses>0) {
|
||||
dummy = sizeof(float)*data->NumPart;
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
}
|
||||
for(k=0, p=0; k<6; k++)
|
||||
{
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++)
|
||||
{
|
||||
if(data->header.mass[k]==0)
|
||||
fwrite(&data->particles[p].Mass, sizeof(float), 1, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(data->ntot_withmasses>0)
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
if(data->header.npart[0]>0) {
|
||||
dummy = data->header.npart[0]*sizeof(float);
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++) {
|
||||
fwrite(&data->particles[p].U, sizeof(float), 1, f);
|
||||
}
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++) {
|
||||
fwrite(&data->particles[p].Rho, sizeof(float), 1, f);
|
||||
}
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
|
||||
if(data->header.flag_cooling) {
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++) {
|
||||
fwrite(&data->particles[p].Ne, sizeof(float), 1, f);
|
||||
}
|
||||
WRITE_DUM(f);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
}
|
||||
|
||||
GadgetData *CosmoTool::loadGadget(const char *fname)
|
||||
{
|
||||
FILE *f;
|
||||
GadgetData *data;
|
||||
int p, k, n;
|
||||
|
||||
f = fopen(fname, "r");
|
||||
if (f == NULL)
|
||||
return NULL;
|
||||
|
||||
data = NEW(GadgetData, 1);
|
||||
SKIP(f);
|
||||
fread(&data->header, sizeof(data->header), 1, f);
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
for(k=0, data->ntot_withmasses=0; k<5; k++) {
|
||||
if(data->header.mass[k]==0)
|
||||
data->ntot_withmasses+= data->header.npart[k];
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(k=0, data->NumPart=0; k<5; k++)
|
||||
data->NumPart+= data->header.npart[k];
|
||||
|
||||
data->particles = NEW(ParticleState, data->NumPart);
|
||||
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(k=0,p=0;k<5;k++) {
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++) {
|
||||
fread(&data->particles[p].Pos[0], sizeof(float), 3, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(k=0,p=0;k<6;k++) {
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++) {
|
||||
fread(&data->particles[p].Vel[0], sizeof(float), 3, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(k=0,p=0;k<6;k++)
|
||||
{
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++)
|
||||
{
|
||||
fread(&data->particles[p].Id, sizeof(int), 1, f);
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
if(data->ntot_withmasses>0)
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(k=0, p=0; k<6; k++)
|
||||
{
|
||||
for(n=0;n<data->header.npart[k];n++)
|
||||
{
|
||||
data->particles[p].Type=k;
|
||||
|
||||
if(data->header.mass[k]==0)
|
||||
fread(&data->particles[p].Mass, sizeof(float), 1, f);
|
||||
else
|
||||
data->particles[p].Mass= data->header.mass[k];
|
||||
p++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(data->ntot_withmasses>0)
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
if(data->header.npart[0]>0)
|
||||
{
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++) {
|
||||
fread(&data->particles[p].U, sizeof(float), 1, f);
|
||||
}
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++) {
|
||||
fread(&data->particles[p].Rho, sizeof(float), 1, f);
|
||||
}
|
||||
SKIP(f);
|
||||
|
||||
if(data->header.flag_cooling)
|
||||
{
|
||||
SKIP(f);
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++)
|
||||
{
|
||||
fread(&data->particles[p].Ne, sizeof(float), 1, f);
|
||||
}
|
||||
SKIP(f);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
for(n=0, p=0; n<data->header.npart[0];p++,n++)
|
||||
{
|
||||
data->particles[p].Ne= 1.0;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
|
||||
return data;
|
||||
}
|
||||
|
||||
void CosmoTool::freeGadget(GadgetData *data)
|
||||
{
|
||||
free(data->particles);
|
||||
free(data);
|
||||
}
|
||||
|
||||
void CosmoTool::writePersoSet(ParticleSet *set, const char *fname)
|
||||
{
|
||||
FILE *f;
|
||||
int i;
|
||||
|
||||
f = fopen(fname, "w");
|
||||
if (f == NULL) {
|
||||
perror("writePersoSet");
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
fwrite(&set->header, sizeof(set->header), 1, f);
|
||||
fwrite(set->Npart, sizeof(set->Npart[0]), set->header.Ntypes, f);
|
||||
|
||||
for (i=0;i<set->header.Ntypes;i++)
|
||||
fwrite(set->particles[i], sizeof(ParticleState), set->Npart[i], f);
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
}
|
||||
|
||||
ParticleSet *CosmoTool::loadPersoSet(const char *fname)
|
||||
{
|
||||
ParticleSet *set;
|
||||
FILE *f;
|
||||
int i;
|
||||
|
||||
f = fopen(fname, "r");
|
||||
if (f == NULL) {
|
||||
perror("loadPersoSet");
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
set = NEW(ParticleSet, 1);
|
||||
fread(&set->header, sizeof(set->header), 1, f);
|
||||
|
||||
set->Npart = NEW(int, set->header.Ntypes);
|
||||
fread(set->Npart, sizeof(set->Npart[0]), set->header.Ntypes, f);;
|
||||
|
||||
set->particles = NEW(ParticleState *, set->header.Ntypes);
|
||||
for (i=0;i<set->header.Ntypes;i++) {
|
||||
set->particles[i] = NEW(ParticleState, set->Npart[i]);
|
||||
fread(set->particles[i], sizeof(ParticleState), set->Npart[i], f);
|
||||
}
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
|
||||
return set;
|
||||
}
|
||||
|
||||
void CosmoTool::freePersoSet(ParticleSet *set)
|
||||
{
|
||||
int i;
|
||||
|
||||
for (i=0;i<set->header.Ntypes;i++) {
|
||||
free(set->particles[i]);
|
||||
}
|
||||
if (set->Npart != NULL) {
|
||||
free(set->particles);
|
||||
free(set->Npart);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
#ifdef WANT_MAIN
|
||||
int main(int argc, char **argv) {
|
||||
GadgetData *data;
|
||||
FILE *plot;
|
||||
int i;
|
||||
double bl;
|
||||
int N;
|
||||
double rms;
|
||||
|
||||
if (argc < 3) {
|
||||
fprintf(stderr, "Usage: %s [GADGET DATA FILE] [BOXSIZE] [N PARTIC]\n", argv[0]);
|
||||
return -1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
plot = fopen("plot", "w");
|
||||
|
||||
bl = atof(argv[2]);
|
||||
data = loadGadget(argv[1]);
|
||||
|
||||
printf("Redshift: %lg\n", data->header.redshift);
|
||||
rms = 0;
|
||||
N = atoi(argv[3]);
|
||||
for (i=0;i<data->NumPart;i++) {
|
||||
if (i == data->header.npart[0])
|
||||
fprintf(plot,"\n\n");
|
||||
|
||||
fprintf(plot, "%f %f %f\n", data->particles[i].Pos[0], data->particles[i].Pos[1], data->particles[i].Pos[2]);
|
||||
|
||||
|
||||
/* Compute the RMS */
|
||||
{
|
||||
/* First find the nearest grid node. */
|
||||
int k;
|
||||
int x;
|
||||
double dx;
|
||||
|
||||
for (k=0;k<3;k++) {
|
||||
x = data->particles[i].Pos[k] / bl * N;
|
||||
dx = data->particles[i].Pos[k]-x*bl/N;
|
||||
rms += dx*dx;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
printf("delta rms = %e\n", sqrt(rms/data->NumPart));
|
||||
freeGadget(data);
|
||||
|
||||
fclose(plot);
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#define LEN0 200.0
|
||||
|
||||
GadgetData *CosmoTool::loadSimulationData(const char *fname)
|
||||
{
|
||||
GadgetData *gd = NEW(GadgetData, 1);
|
||||
FILE *f;
|
||||
int lineNo;
|
||||
char line[1024];
|
||||
int i;
|
||||
int j;
|
||||
|
||||
gd->header.BoxSize = LEN0;
|
||||
|
||||
f = fopen(fname, "r");
|
||||
lineNo = 0;
|
||||
while (!feof(f))
|
||||
{
|
||||
fgets(line, sizeof(line), f);
|
||||
lineNo++;
|
||||
}
|
||||
lineNo--;
|
||||
rewind(f);
|
||||
|
||||
gd->NumPart = lineNo;
|
||||
gd->particles = NEW(ParticleState, lineNo);
|
||||
|
||||
i = 0;
|
||||
while (!feof(f))
|
||||
{
|
||||
fgets(line, sizeof(line), f);
|
||||
int r = sscanf(line, "%*d %*d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %*f %*f %*f %f %f %f",
|
||||
&gd->particles[i].Pos[0], &gd->particles[i].Pos[1], &gd->particles[i].Pos[2],
|
||||
&gd->particles[i].Init[0], &gd->particles[i].Init[1], &gd->particles[i].Init[2],
|
||||
&gd->particles[i].Vel[0], &gd->particles[i].Vel[1], &gd->particles[i].Vel[2],
|
||||
&gd->particles[i].VelInit[0], &gd->particles[i].VelInit[1], &gd->particles[i].VelInit[2]
|
||||
);
|
||||
if (r != 12)
|
||||
{
|
||||
printf("line %d: '%s'\n", i, line);
|
||||
printf("returned r=%d\n", r);
|
||||
abort();
|
||||
}
|
||||
assert(r == 12);
|
||||
for (j = 0; j < 3; j++)
|
||||
{
|
||||
gd->particles[i].Vel[j] *= 100.0 * LEN0 / (0.9641010);
|
||||
gd->particles[i].VelInit[j] *= 100.0 * 1/71. * LEN0 / (0.9641010);
|
||||
gd->particles[i].Pos[j] *= LEN0;
|
||||
gd->particles[i].Init[j] *= LEN0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
gd->particles[i].Type = 0;
|
||||
gd->particles[i].Mass = 1.0;
|
||||
gd->particles[i].Id = i;
|
||||
|
||||
i++;
|
||||
}
|
||||
fclose(f);
|
||||
|
||||
return gd;
|
||||
}
|
||||
|
||||
#ifndef LITTLE_ENDIAN
|
||||
#define read_buf(b, n) \
|
||||
{ \
|
||||
int k; \
|
||||
control_size -= n; \
|
||||
for (k = (n-1); k >= 0; k--) \
|
||||
fread(&b[k], 1, 1, infile); \
|
||||
}
|
||||
#else
|
||||
#define read_buf(b, n) \
|
||||
{ \
|
||||
int k; \
|
||||
control_size -= n; \
|
||||
for (k = 0; k < n; k++) \
|
||||
fread(&b[k], 1, 1, infile); \
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#define read_int(i) \
|
||||
{ \
|
||||
char *o = (char*)&(i); \
|
||||
read_buf(o, 4); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define read_real(f) \
|
||||
{ \
|
||||
char *o = (char*)&(f); \
|
||||
read_buf(o, 4); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define read_characters(c, n) { \
|
||||
int k; \
|
||||
control_size -= n; \
|
||||
fread(c, 1, n, outfile); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define push_dummy_control(id) \
|
||||
{ int control_size = 0;
|
||||
|
||||
#define pop_dummy_control() }
|
||||
|
||||
#if defined(LARGE_CONTROL) && defined(LITTLE_ENDIAN)
|
||||
#define push_control(id) \
|
||||
{ \
|
||||
int control_size = 0; \
|
||||
int control_size2 = 0; \
|
||||
char *intbuf = (char*)&control_size; \
|
||||
fread(&control_size, 8, 1, infile);
|
||||
|
||||
#define pop_control(id) \
|
||||
fread(&control_size2, 8, 1, infile); \
|
||||
assert(control_size == 0); \
|
||||
}
|
||||
#elif !defined(LARGE_CONTROL) && defined(LITTLE_ENDIAN)
|
||||
#define push_control(id) \
|
||||
{ \
|
||||
int control_size = 0; \
|
||||
int control_size2 = 0; \
|
||||
char *intbuf = (char*)&control_size; \
|
||||
fread(&control_size, 4, 1, infile);
|
||||
|
||||
#define pop_control(id) \
|
||||
fread(&control_size2, 4, 1, infile); \
|
||||
assert(control_size == 0); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#elif defined(LARGE_CONTROL) && !defined(LITTLE_ENDIAN)
|
||||
#define push_control(id) \
|
||||
{ \
|
||||
int control_size = 0; \
|
||||
int control_size2 = 0; \
|
||||
char *intbuf = (char*)&control_size; \
|
||||
fread(&control_size, 8, 1, infile);
|
||||
|
||||
#define pop_control(id) \
|
||||
fread(&control_size2, 8, 1, infile); \
|
||||
assert(control_size == 0); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#elif !defined(LARGE_CONTROL) && !defined(LITTLE_ENDIAN)
|
||||
#define push_control(id) \
|
||||
{ \
|
||||
int control_size = 0; \
|
||||
int control_size2 = 0; \
|
||||
char *intbuf = (char*)&control_size; \
|
||||
fread(&control_size, 4, 1, infile);
|
||||
|
||||
#define pop_control(id) \
|
||||
fread(&control_size2, 4, 1, infile); \
|
||||
assert(control_size == 0); \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
GadgetData *CosmoTool::loadHydra(const char *fname)
|
||||
{
|
||||
GadgetData *gd = NEW(GadgetData, 1);
|
||||
FILE *f;
|
||||
int version0, version1, version2;
|
||||
int irun, nobj, ngas, ndark, intl, nlmx, perr;
|
||||
float dtnorm, sft0, sftmin, sftmax;
|
||||
int pad3;
|
||||
float h100, box100, zmet0;
|
||||
int lcool;
|
||||
float rmnorm0;
|
||||
int pad4, pad5;
|
||||
float tstart, omega0, xlambda0, h0t0, rcen, rmax2;
|
||||
float rmbary;
|
||||
int j;
|
||||
float atime;
|
||||
|
||||
f = fopen(fname, "r");
|
||||
#define infile f
|
||||
push_control(0);
|
||||
read_int(version0);
|
||||
read_int(version1);
|
||||
read_int(version2);
|
||||
pop_control(0);
|
||||
|
||||
if (version0 != 4)
|
||||
{
|
||||
fclose(f);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
push_control(1);
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < 200; j++)
|
||||
{
|
||||
int mydummy;
|
||||
read_int(mydummy);
|
||||
}
|
||||
for (j = 0; j < 5; j++)
|
||||
{
|
||||
float mydummy;
|
||||
read_real(mydummy);
|
||||
}
|
||||
read_real(atime);
|
||||
gd->header.time = atime;
|
||||
gd->header.redshift = 1/atime - 1;
|
||||
|
||||
for (j = 6; j < 100; j++)
|
||||
{
|
||||
int mydummy;
|
||||
read_int(mydummy);
|
||||
}
|
||||
read_int(irun);
|
||||
read_int(nobj);
|
||||
read_int(ngas);
|
||||
read_int(ndark);
|
||||
read_int(intl);
|
||||
read_int(nlmx);
|
||||
read_int(perr);
|
||||
read_real(dtnorm);
|
||||
read_real(sft0);
|
||||
read_real(sftmin);
|
||||
read_real(sftmax);
|
||||
read_int(pad3);
|
||||
read_real(h100);
|
||||
read_real(box100);
|
||||
read_real(zmet0);
|
||||
read_int(lcool);
|
||||
read_real(rmbary);
|
||||
read_real(rmnorm0);
|
||||
read_int(pad4);
|
||||
read_int(pad5);
|
||||
read_real(tstart);
|
||||
read_real(omega0);
|
||||
read_real(xlambda0);
|
||||
read_real(h0t0);
|
||||
read_real(rcen);
|
||||
read_real(rmax2);
|
||||
for (j = 0; j < 74; j++)
|
||||
{
|
||||
int mydummy;
|
||||
read_int(mydummy);
|
||||
}
|
||||
pop_control(1);
|
||||
|
||||
gd->header.npart[1] = ndark;
|
||||
gd->header.npart[0] = ngas;
|
||||
gd->header.num_files = 1;
|
||||
gd->header.flag_cooling = lcool;
|
||||
gd->header.BoxSize = box100 * 1000;
|
||||
gd->header.HubbleParam = h100;
|
||||
gd->header.Omega0 = omega0;
|
||||
gd->header.OmegaLambda = xlambda0;
|
||||
|
||||
push_control(2);
|
||||
for (j = 0; j < nobj; j++)
|
||||
{
|
||||
int mydummy;
|
||||
read_int(mydummy);
|
||||
}
|
||||
pop_control(2);
|
||||
|
||||
gd->NumPart = nobj;
|
||||
gd->ntot_withmasses = nobj;
|
||||
gd->particles = NEW(ParticleState, nobj);
|
||||
|
||||
push_control(3);
|
||||
for (j = 0; j < nobj; j++)
|
||||
{
|
||||
float rm;
|
||||
gd->particles[j].Id = j;
|
||||
read_real(gd->particles[j].Mass);
|
||||
}
|
||||
pop_control(3);
|
||||
|
||||
push_control(4);
|
||||
for (j = 0; j < nobj; j++)
|
||||
{
|
||||
int k;
|
||||
for (k = 0; k < 3; k++)
|
||||
{
|
||||
read_real(gd->particles[j].Pos[k]);
|
||||
gd->particles[j].Pos[k] *= gd->header.BoxSize;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
pop_control(4);
|
||||
|
||||
push_control(5);
|
||||
for (j = 0; j < nobj; j++)
|
||||
{
|
||||
int k;
|
||||
for (k = 0; k < 3; k++)
|
||||
{
|
||||
read_real(gd->particles[j].Vel[k]);
|
||||
gd->particles[j].Vel[k] *= 100.0 * box100 / h0t0 * atime;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
pop_control(5);
|
||||
|
||||
fclose(f);
|
||||
#undef infile
|
||||
|
||||
return gd;
|
||||
}
|
||||
@ -1,84 +0,0 @@
|
||||
#ifndef _LOAD_GADGET_DATA_H
|
||||
#define _LOAD_GADGET_DATA_H
|
||||
|
||||
|
||||
typedef struct io_header_1
|
||||
{
|
||||
int npart[6];
|
||||
double mass[6];
|
||||
double time;
|
||||
double redshift;
|
||||
int flag_sfr;
|
||||
int flag_feedback;
|
||||
int npartTotal[6];
|
||||
int flag_cooling;
|
||||
int num_files;
|
||||
double BoxSize;
|
||||
double Omega0;
|
||||
double OmegaLambda;
|
||||
double HubbleParam;
|
||||
char fill[256- 6*4- 6*8- 2*8- 2*4- 6*4- 2*4 - 4*8]; /* fills to 256 Bytes */
|
||||
} GadgetHeader;
|
||||
|
||||
typedef struct particle_data
|
||||
{
|
||||
float Pos[3];
|
||||
float Init[3];
|
||||
float Vel[3];
|
||||
float VelInit[3];
|
||||
float Mass;
|
||||
int Type;
|
||||
|
||||
float Rho, U, Temp, Ne;
|
||||
int Id;
|
||||
} ParticleState;
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
GadgetHeader header;
|
||||
ParticleState *particles;
|
||||
int NumPart;
|
||||
int ntot_withmasses;
|
||||
} GadgetData;
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
int Ntypes;
|
||||
float BoxSize;
|
||||
float RedShift;
|
||||
char header[256 - 4 - 2*4];
|
||||
} ParticleSetHeader;
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
ParticleSetHeader header;
|
||||
// Particle description
|
||||
int *Npart;
|
||||
ParticleState **particles;
|
||||
} ParticleSet;
|
||||
|
||||
typedef float FCoordinates[3];
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
unsigned int NumPart;
|
||||
double BoxSize;
|
||||
FCoordinates *pos;
|
||||
} PurePositionData;
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
extern "C" {
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
void writeGadget(GadgetData *data, const char *fname);
|
||||
GadgetData *loadGadget(const char *fname);
|
||||
void freeGadget(GadgetData *data);
|
||||
|
||||
GadgetData *loadSimulationData(const char *fname);
|
||||
GadgetData *loadHydra(const char *fname);
|
||||
|
||||
void writePersoSet(ParticleSet *set, const char *fname);
|
||||
ParticleSet *loadPersoSet(const char *fname);
|
||||
void freePersoSet(ParticleSet *set);
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
79
src/load_data.hpp
Normal file
79
src/load_data.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,79 @@
|
||||
#ifndef _LOAD_GADGET_DATA_HPP
|
||||
#define _LOAD_GADGET_DATA_HPP
|
||||
|
||||
#include "config.hpp"
|
||||
|
||||
namespace CosmoTool {
|
||||
|
||||
struct GadgetHeader
|
||||
{
|
||||
int npart[6];
|
||||
double mass[6];
|
||||
double time;
|
||||
double redshift;
|
||||
int flag_sfr;
|
||||
int flag_feedback;
|
||||
int npartTotal[6];
|
||||
int flag_cooling;
|
||||
int num_files;
|
||||
double BoxSize;
|
||||
double Omega0;
|
||||
double OmegaLambda;
|
||||
double HubbleParam;
|
||||
char fill[256- 6*4- 6*8- 2*8- 2*4- 6*4- 2*4 - 4*8]; /* fills to 256 Bytes */
|
||||
};
|
||||
|
||||
struct ParticleState
|
||||
{
|
||||
float Pos[3];
|
||||
float Init[3];
|
||||
float Vel[3];
|
||||
float VelInit[3];
|
||||
float Mass;
|
||||
int Type;
|
||||
|
||||
float Rho, U, Temp, Ne;
|
||||
int Id;
|
||||
};
|
||||
|
||||
struct GadgetData {
|
||||
GadgetHeader header;
|
||||
ParticleState *particles;
|
||||
int NumPart;
|
||||
int ntot_withmasses;
|
||||
};
|
||||
|
||||
struct ParticleSetHeader {
|
||||
int Ntypes;
|
||||
float BoxSize;
|
||||
float RedShift;
|
||||
char header[256 - 4 - 2*4];
|
||||
};
|
||||
|
||||
struct ParticleSet {
|
||||
ParticleSetHeader header;
|
||||
// Particle description
|
||||
int *Npart;
|
||||
ParticleState **particles;
|
||||
};
|
||||
|
||||
struct PurePositionData {
|
||||
unsigned int NumPart;
|
||||
double BoxSize;
|
||||
FCoordinates *pos;
|
||||
};
|
||||
|
||||
void writeGadget(GadgetData *data, const char *fname);
|
||||
GadgetData *loadGadget(const char *fname);
|
||||
void freeGadget(GadgetData *data);
|
||||
|
||||
GadgetData *loadSimulationData(const char *fname);
|
||||
GadgetData *loadHydra(const char *fname);
|
||||
|
||||
void writePersoSet(ParticleSet *set, const char *fname);
|
||||
ParticleSet *loadPersoSet(const char *fname);
|
||||
void freePersoSet(ParticleSet *set);
|
||||
|
||||
};
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
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