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Guilhem Lavaux
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1b8ff660c2
3
.gitignore
vendored
Normal file
3
.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,3 @@
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*~
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*.o
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*.prog
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97
config.hpp
Normal file
97
config.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,97 @@
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#ifndef __MAK_CONFIG_HPP
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#define __MAK_CONFIG_HPP
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#include <stdint.h>
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#include <exception>
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#include <cstring>
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namespace CosmoTool
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{
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#define NUMDIMS 3
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#define NUMCUBES 8
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/**
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* Base type to specity at what precision we
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* must achieve computations.
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*/
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typedef double ComputePrecision;
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/**
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||||||
|
* Coordinate type (should be a 3-array).
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||||||
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*/
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||||||
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typedef double Coordinates[NUMDIMS];
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/**
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||||||
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* This function is used whenever one needs a general
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|
* conversion between mass and luminosity (or the opposite).
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||||||
|
* It should take a "mass" (or luminosity) in input, a unit is
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|
* given to convert this mass into solar units. The output should
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||||||
|
* be the "luminosity" (or mass), in solar units.
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*/
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||||||
|
typedef double (*BiasFunction)(double mass, double unit);
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||||||
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/**
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||||||
|
* Function to copy the coordinates "a" into "b".
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||||||
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*/
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inline void copyCoordinates(const Coordinates& a, Coordinates& b)
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||||||
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{
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||||||
|
memcpy(b, a, sizeof(a));
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||||||
|
}
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||||||
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|
/**
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||||||
|
* Base exception class for all exceptions handled by
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||||||
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* this library.
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*/
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||||||
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class Exception : public std::exception
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{
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public:
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||||||
|
Exception(const char *mess = 0)
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||||||
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: msg(mess) {}
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const char *getMessage() const { return msg; };
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||||||
|
virtual const char *what() const throw () { return msg; };
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private:
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const char *msg;
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|
};
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||||||
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|
/**
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|
* Exception raised when an invalid argument has been
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|
* passed to a function of the library.
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*/
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||||||
|
class InvalidArgumentException : public Exception
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
InvalidArgumentException(const char *mess = 0)
|
||||||
|
: Exception(mess) {}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
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||||||
|
/**
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
class InvalidRangeException : public Exception
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
InvalidRangeException(const char *mess = 0)
|
||||||
|
: Exception(mess) {}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
class NoSuchFileException : public Exception
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
NoSuchFileException(const char *mess = 0)
|
||||||
|
: Exception(mess) {}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
class InvalidFileFormatException : public Exception
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
InvalidFileFormatException(const char *mess = 0)
|
||||||
|
: Exception(mess) {}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
390
loadRamses.cpp
Normal file
390
loadRamses.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,390 @@
|
|||||||
|
#include <cmath>
|
||||||
|
#include <cstring>
|
||||||
|
#include <cstdlib>
|
||||||
|
#include <cassert>
|
||||||
|
#include <sstream>
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
#include <iomanip>
|
||||||
|
#include <string>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include "loadRamses.hpp"
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|
#include "load_data.h"
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|
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|
using namespace std;
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#if 0
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||||||
|
#define read_buf(b, n) \
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||||||
|
{ \
|
||||||
|
int k; \
|
||||||
|
control_size -= n; \
|
||||||
|
for (k = (n-1); k >= 0; k--) \
|
||||||
|
infile.read(&b[k],1); \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#else
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||||||
|
#define read_buf(b, n) \
|
||||||
|
{ \
|
||||||
|
int k; \
|
||||||
|
control_size -= n; \
|
||||||
|
for (k = 0; k < n; k++) \
|
||||||
|
infile.read(&b[k], 1); \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
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||||||
|
#define read_int(i) \
|
||||||
|
{ \
|
||||||
|
char *o = (char*)&(i); \
|
||||||
|
read_buf(o, 4); \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#define read_real(f) \
|
||||||
|
{ \
|
||||||
|
char *o = (char*)&(f); \
|
||||||
|
read_buf(o, 4); \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#define read_characters(c, n) { \
|
||||||
|
int k; \
|
||||||
|
control_size -= n; \
|
||||||
|
infile.read(c, n); \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#define push_dummy_control(id) \
|
||||||
|
{ int control_size = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
#define pop_dummy_control() }
|
||||||
|
|
||||||
|
#define push_control(id) \
|
||||||
|
{ \
|
||||||
|
int control_size = 0; \
|
||||||
|
int control_size2 = 0; \
|
||||||
|
char *intbuf = (char*)&control_size; \
|
||||||
|
read_int(control_size);
|
||||||
|
|
||||||
|
#define pop_control(id) \
|
||||||
|
assert(control_size == 0); \
|
||||||
|
read_int(control_size2); \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
GadgetData *CosmoTool::loadRamses(const char *name)
|
||||||
|
{
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||||||
|
GadgetData *gd = (GadgetData *)malloc(sizeof(GadgetData));
|
||||||
|
int id = 1;
|
||||||
|
uint32_t totPart = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << "Detecting number of files and particles..." << endl;
|
||||||
|
while (1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ostringstream ss_fname;
|
||||||
|
ss_fname << name << setfill('0') << setw(5) << id;
|
||||||
|
string fname = ss_fname.str();
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " ... " << fname << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||||
|
if (!infile)
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(CPU);
|
||||||
|
read_int(nCpu);
|
||||||
|
pop_control(CPU);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(DIM);
|
||||||
|
read_int(ndim);
|
||||||
|
pop_control(DIM);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(NPAR);
|
||||||
|
read_int(nPar);
|
||||||
|
pop_control(NPAR);
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " NUMCPU=" << nCpu << " NUMDIM=" << ndim << " NumPart=" << nPar << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
totPart += nPar;
|
||||||
|
id++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
assert (totPart <= ((~(size_t)0)/sizeof(ParticleState)));
|
||||||
|
size_t memSize = sizeof(ParticleState)*(size_t)totPart;
|
||||||
|
cout << " Needing " << memSize / 1024 << " kBytes" << endl;
|
||||||
|
gd->particles = (ParticleState *)malloc(memSize);
|
||||||
|
assert(gd->particles != 0);
|
||||||
|
gd->NumPart = totPart;
|
||||||
|
gd->ntot_withmasses = totPart;
|
||||||
|
gd->header.npart[0] = totPart;
|
||||||
|
for (int k = 1; k < 6; k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
gd->header.npart[k] = 0;
|
||||||
|
gd->header.mass[k] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
gd->header.num_files = id;
|
||||||
|
gd->header.BoxSize = 200.0 * 1000; // kPc
|
||||||
|
gd->header.Omega0 = 0.30; // ????
|
||||||
|
gd->header.OmegaLambda = 0.70; // ????
|
||||||
|
gd->header.HubbleParam = 0.70; // ????
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " Total number part=" << totPart << endl
|
||||||
|
<< "Loading particles ..." << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32_t curPos = 0;
|
||||||
|
id = 1;
|
||||||
|
while (1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ostringstream ss_fname;
|
||||||
|
ss_fname << name << setfill('0') << setw(5) << id;
|
||||||
|
string fname = ss_fname.str();
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " ... " << id;
|
||||||
|
cout.flush();
|
||||||
|
|
||||||
|
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||||
|
if (!infile)
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(CPU);
|
||||||
|
read_int(nCpu);
|
||||||
|
pop_control(CPU);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(DIM);
|
||||||
|
read_int(ndim);
|
||||||
|
pop_control(DIM);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(NPAR);
|
||||||
|
read_int(nPar);
|
||||||
|
pop_control(NPAR);
|
||||||
|
|
||||||
|
ParticleState *s = &gd->particles[curPos];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--,s++)
|
||||||
|
s->Mass = 1.0;
|
||||||
|
|
||||||
|
s = &gd->particles[curPos];
|
||||||
|
push_control(POSX);
|
||||||
|
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(s->Pos[0]);
|
||||||
|
s->Pos[0] *= gd->header.BoxSize;
|
||||||
|
s++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(POSX);
|
||||||
|
|
||||||
|
s = &gd->particles[curPos];
|
||||||
|
push_control(POSY);
|
||||||
|
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(s->Pos[1]);
|
||||||
|
s->Pos[1] *= gd->header.BoxSize;
|
||||||
|
s++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(POSY);
|
||||||
|
|
||||||
|
s = &gd->particles[curPos];
|
||||||
|
push_control(POSZ);
|
||||||
|
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(s->Pos[2]);
|
||||||
|
s->Pos[2] *= gd->header.BoxSize;
|
||||||
|
s++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(POSZ);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(VELX);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(gd->particles[curPos+i].Vel[0]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(VELX);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(VELY);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(gd->particles[curPos+i].Vel[1]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(VELY);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(VELZ);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(gd->particles[curPos+i].Vel[2]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(VELZ);
|
||||||
|
|
||||||
|
curPos += nPar;
|
||||||
|
|
||||||
|
id++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
return gd;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
PurePositionData *CosmoTool::loadRamsesPosition(const char *name)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
PurePositionData *gd = (PurePositionData *)malloc(sizeof(PurePositionData));
|
||||||
|
int id = 1;
|
||||||
|
uint32_t totPart = 0;
|
||||||
|
int nCpu = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << "Detecting number of files and particles..." << endl;
|
||||||
|
while (1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ostringstream ss_fname;
|
||||||
|
ss_fname << name << setfill('0') << setw(5) << id;
|
||||||
|
string fname = ss_fname.str();
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " ... " << fname << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||||
|
if (!infile)
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
int ndim, nPar;
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(CPU);
|
||||||
|
read_int(nCpu);
|
||||||
|
pop_control(CPU);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(DIM);
|
||||||
|
read_int(ndim);
|
||||||
|
pop_control(DIM);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(NPAR);
|
||||||
|
read_int(nPar);
|
||||||
|
pop_control(NPAR);
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " NUMCPU=" << nCpu << " NUMDIM=" << ndim << " NumPart=" << nPar << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
totPart += nPar;
|
||||||
|
id++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
assert (totPart <= ((~(size_t)0)/sizeof(FCoordinates)));
|
||||||
|
size_t memSize = sizeof(FCoordinates)*(size_t)(totPart+totPart/nCpu);
|
||||||
|
cout << " Needing " << memSize / 1024 << " kBytes" << endl;
|
||||||
|
gd->pos = (FCoordinates *)malloc(sizeof(FCoordinates)*totPart);
|
||||||
|
assert(gd->pos != 0);
|
||||||
|
gd->NumPart = totPart;
|
||||||
|
gd->BoxSize = 1000.0;
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " Total number part=" << totPart << endl
|
||||||
|
<< "Loading particles ..." << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32_t curPos = 0;
|
||||||
|
id = 1;
|
||||||
|
while (1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ostringstream ss_fname;
|
||||||
|
ss_fname << name << setfill('0') << setw(5) << id;
|
||||||
|
string fname = ss_fname.str();
|
||||||
|
int *idP;
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << " ... " << id;
|
||||||
|
cout.flush();
|
||||||
|
|
||||||
|
ifstream infile(fname.c_str());
|
||||||
|
if (!infile)
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
int nCpu, ndim, nPar;
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(CPU);
|
||||||
|
read_int(nCpu);
|
||||||
|
pop_control(CPU);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(DIM);
|
||||||
|
read_int(ndim);
|
||||||
|
pop_control(DIM);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(NPAR);
|
||||||
|
read_int(nPar);
|
||||||
|
pop_control(NPAR);
|
||||||
|
|
||||||
|
FCoordinates *s = new FCoordinates[nPar];
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(POSX);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(s[i][0]);
|
||||||
|
s[i][0] *= gd->BoxSize;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(POSX);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(POSY);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(s[i][1]);
|
||||||
|
s[i][1] *= gd->BoxSize;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(POSY);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(POSZ);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
read_real(s[i][2]);
|
||||||
|
s[i][2] *= gd->BoxSize;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(POSZ);
|
||||||
|
|
||||||
|
// SKIP VELOCITIES
|
||||||
|
for (int k = 0; k < 3; k++) {
|
||||||
|
push_control(V);
|
||||||
|
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
float dummyF;
|
||||||
|
read_real(dummyF);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(V);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
float minMass = INFINITY;
|
||||||
|
push_control(MASS);
|
||||||
|
for (uint32_t i = nPar; i > 0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
float dummyF;
|
||||||
|
read_real(dummyF);
|
||||||
|
if (dummyF < minMass) minMass = dummyF;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(MASS);
|
||||||
|
|
||||||
|
push_control(ID);
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < nPar; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int id;
|
||||||
|
read_int(id);
|
||||||
|
id--;
|
||||||
|
assert(id >= 0);
|
||||||
|
assert(id < totPart);
|
||||||
|
memcpy(&gd->pos[id], &s[i], sizeof(FCoordinates));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
pop_control(ID);
|
||||||
|
|
||||||
|
delete[] s;
|
||||||
|
|
||||||
|
curPos += nPar;
|
||||||
|
|
||||||
|
id++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
cout << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
return gd;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#if 0
|
||||||
|
int main(int argc, char **argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
GadgetData *gd = loadRamses(argv[1]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
#if 0
|
||||||
|
int main(int argc, char **argv)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
GadgetData *gd = loadRamses(argv[1]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
13
loadRamses.hpp
Normal file
13
loadRamses.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,13 @@
|
|||||||
|
#ifndef _LOAD_RAMSES_HPP
|
||||||
|
#define _LOAD_RAMSES_HPP
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "load_data.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace CosmoTool {
|
||||||
|
|
||||||
|
GadgetData *loadRamses(const char *name);
|
||||||
|
PurePositionData *loadRamsesPosition(const char *fname);
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
84
load_data.h
Normal file
84
load_data.h
Normal file
@ -0,0 +1,84 @@
|
|||||||
|
#ifndef _LOAD_GADGET_DATA_H
|
||||||
|
#define _LOAD_GADGET_DATA_H
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct io_header_1
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int npart[6];
|
||||||
|
double mass[6];
|
||||||
|
double time;
|
||||||
|
double redshift;
|
||||||
|
int flag_sfr;
|
||||||
|
int flag_feedback;
|
||||||
|
int npartTotal[6];
|
||||||
|
int flag_cooling;
|
||||||
|
int num_files;
|
||||||
|
double BoxSize;
|
||||||
|
double Omega0;
|
||||||
|
double OmegaLambda;
|
||||||
|
double HubbleParam;
|
||||||
|
char fill[256- 6*4- 6*8- 2*8- 2*4- 6*4- 2*4 - 4*8]; /* fills to 256 Bytes */
|
||||||
|
} GadgetHeader;
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct particle_data
|
||||||
|
{
|
||||||
|
float Pos[3];
|
||||||
|
float Init[3];
|
||||||
|
float Vel[3];
|
||||||
|
float VelInit[3];
|
||||||
|
float Mass;
|
||||||
|
int Type;
|
||||||
|
|
||||||
|
float Rho, U, Temp, Ne;
|
||||||
|
int Id;
|
||||||
|
} ParticleState;
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
GadgetHeader header;
|
||||||
|
ParticleState *particles;
|
||||||
|
int NumPart;
|
||||||
|
int ntot_withmasses;
|
||||||
|
} GadgetData;
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
int Ntypes;
|
||||||
|
float BoxSize;
|
||||||
|
float RedShift;
|
||||||
|
char header[256 - 4 - 2*4];
|
||||||
|
} ParticleSetHeader;
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
ParticleSetHeader header;
|
||||||
|
// Particle description
|
||||||
|
int *Npart;
|
||||||
|
ParticleState **particles;
|
||||||
|
} ParticleSet;
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef float FCoordinates[3];
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct {
|
||||||
|
unsigned int NumPart;
|
||||||
|
double BoxSize;
|
||||||
|
FCoordinates *pos;
|
||||||
|
} PurePositionData;
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef __cplusplus
|
||||||
|
extern "C" {
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
void writeGadget(GadgetData *data, const char *fname);
|
||||||
|
GadgetData *loadGadget(const char *fname);
|
||||||
|
void freeGadget(GadgetData *data);
|
||||||
|
|
||||||
|
GadgetData *loadSimulationData(const char *fname);
|
||||||
|
GadgetData *loadHydra(const char *fname);
|
||||||
|
|
||||||
|
void writePersoSet(ParticleSet *set, const char *fname);
|
||||||
|
ParticleSet *loadPersoSet(const char *fname);
|
||||||
|
void freePersoSet(ParticleSet *set);
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef __cplusplus
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
298
yorick.cpp
Normal file
298
yorick.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,298 @@
|
|||||||
|
#include "config.hpp"
|
||||||
|
#include <netcdfcpp.h>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include "yorick.hpp"
|
||||||
|
#include <assert.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace CosmoTool;
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
|
||||||
|
OutputNetCDF::OutputNetCDF(NcFile *f, NcVar *v, long *dimList, uint32_t rank)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->outFile = f;
|
||||||
|
this->curVar = v;
|
||||||
|
this->dimList = dimList;
|
||||||
|
this->rank = rank;
|
||||||
|
this->counts = new long[rank];
|
||||||
|
this->curPos = new long[rank];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (long i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
this->curPos[i] = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (long i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
this->counts[i] = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void OutputNetCDF::addDouble(double a)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
curVar->set_cur(curPos);
|
||||||
|
curVar->put(&a, counts);
|
||||||
|
|
||||||
|
curPos[rank-1]++;
|
||||||
|
for (long i = rank-1; i >= 1; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (curPos[i] == dimList[i])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
curPos[i-1]++;
|
||||||
|
curPos[i] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
OutputNetCDF::~OutputNetCDF()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
delete counts;
|
||||||
|
delete dimList;
|
||||||
|
delete curPos;
|
||||||
|
delete outFile;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
class NetCDF_handle
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
NcFile *outFile;
|
||||||
|
NcVar *curVar;
|
||||||
|
long *curPos;
|
||||||
|
long *counts;
|
||||||
|
long *dimList;
|
||||||
|
uint32_t rank;
|
||||||
|
|
||||||
|
NetCDF_handle(NcFile *f, NcVar *v, long *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
virtual ~NetCDF_handle();
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
NetCDF_handle::NetCDF_handle(NcFile *f, NcVar *v, long *dimList, uint32_t rank)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->outFile = f;
|
||||||
|
this->curVar = v;
|
||||||
|
this->dimList = dimList;
|
||||||
|
this->rank = rank;
|
||||||
|
this->counts = new long[rank];
|
||||||
|
this->curPos = new long[rank];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (long i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
this->curPos[i] = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (long i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
this->counts[i] = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
NetCDF_handle::~NetCDF_handle()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
delete[] dimList;
|
||||||
|
delete outFile;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class InputGenCDF: public NetCDF_handle, public ProgressiveInputImpl<T>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
InputGenCDF(NcFile *f, NcVar *v, long *dimList, uint32_t rank)
|
||||||
|
: NetCDF_handle(f,v,dimList,rank)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
virtual ~InputGenCDF() {}
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual T read()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
T a;
|
||||||
|
|
||||||
|
curVar->set_cur(curPos);
|
||||||
|
curVar->get(&a, counts);
|
||||||
|
|
||||||
|
curPos[rank-1]++;
|
||||||
|
for (long i = rank-1; i >= 1; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (curPos[i] == dimList[i])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
curPos[i-1]++;
|
||||||
|
curPos[i] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return a;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual void seek(uint32_t *pos)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (long i = rank-1; i >= 0; i--)
|
||||||
|
curPos[i] = pos[rank-1-i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class OutputGenCDF: public NetCDF_handle, public ProgressiveOutputImpl<T>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
OutputGenCDF(NcFile *f, NcVar *v, long *dimList, uint32_t rank)
|
||||||
|
: NetCDF_handle(f,v,dimList,rank)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
virtual ~OutputGenCDF() {}
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual void put(T a)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
curVar->set_cur(curPos);
|
||||||
|
curVar->put(&a, counts);
|
||||||
|
|
||||||
|
curPos[rank-1]++;
|
||||||
|
for (long i = rank-1; i >= 1; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (curPos[i] == dimList[i])
|
||||||
|
{
|
||||||
|
curPos[i-1]++;
|
||||||
|
curPos[i] = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class NetCDF_type
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
static const NcType t = (NcType)-1;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
class NetCDF_type<int>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
static const NcType t = ncInt;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
class NetCDF_type<float>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
static const NcType t = ncFloat;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
class NetCDF_type<double>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
static const NcType t = ncDouble;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace CosmoTool {
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
ProgressiveOutput<T>
|
||||||
|
ProgressiveOutput<T>::saveArrayProgressive(const char *fname, uint32_t *dimList,
|
||||||
|
uint32_t rank)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
NcFile *f = new NcFile(fname, NcFile::Replace);
|
||||||
|
|
||||||
|
assert(f->is_valid());
|
||||||
|
|
||||||
|
const NcDim **dimArray = new const NcDim *[rank];
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char dimName[255];
|
||||||
|
|
||||||
|
sprintf(dimName, "dim%d", i);
|
||||||
|
dimArray[i] = f->add_dim(dimName, dimList[rank-1-i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
NcVar *v = f->add_var("array", NetCDF_type<T>::t, rank, dimArray);
|
||||||
|
|
||||||
|
long *ldimList = new long[rank];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
ldimList[rank-1-i] = dimList[i];
|
||||||
|
|
||||||
|
OutputGenCDF<T> *impl = new OutputGenCDF<T>(f, v, ldimList, rank);
|
||||||
|
return ProgressiveOutput<T>(impl);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
ProgressiveInput<T>
|
||||||
|
ProgressiveInput<T>::loadArrayProgressive(const char *fname, uint32_t *&dimList,
|
||||||
|
uint32_t& rank)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
NcFile *f = new NcFile(fname, NcFile::ReadOnly);
|
||||||
|
|
||||||
|
assert(f->is_valid());
|
||||||
|
|
||||||
|
NcVar *v = f->get_var("array");
|
||||||
|
|
||||||
|
rank = v->num_dims();
|
||||||
|
long *ldimList = v->edges();
|
||||||
|
dimList = new uint32_t[rank];
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dimList[rank-i-1] = ldimList[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
InputGenCDF<T> *impl = new InputGenCDF<T>(f, v, ldimList, rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
return ProgressiveInput<T>(impl);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
void saveArray(const char *fname,
|
||||||
|
T *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
NcFile f(fname, NcFile::Replace);
|
||||||
|
|
||||||
|
assert(f.is_valid());
|
||||||
|
|
||||||
|
const NcDim **dimArray = new const NcDim *[rank];
|
||||||
|
for (uint32_t i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char dimName[255];
|
||||||
|
|
||||||
|
sprintf(dimName, "dim%d", i);
|
||||||
|
dimArray[i] = f.add_dim(dimName, dimList[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
NcVar *v = f.add_var("array", NetCDF_type<T>::t, rank, dimArray);
|
||||||
|
|
||||||
|
long *edge = v->edges();
|
||||||
|
v->put(array, edge);
|
||||||
|
delete[] edge;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
void loadArray(const char *fname,
|
||||||
|
T*&array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
NcFile f(fname, NcFile::ReadOnly);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!f.is_valid())
|
||||||
|
throw NoSuchFileException(fname);
|
||||||
|
|
||||||
|
NcVar *v = f.get_var("array");
|
||||||
|
rank = v->num_dims();
|
||||||
|
long *edge = v->edges();
|
||||||
|
uint32_t fullSize = 1;
|
||||||
|
dimList = new uint32_t[rank];
|
||||||
|
for (int i = 0; i < rank; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dimList[i] = edge[i];
|
||||||
|
fullSize *= edge[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
array = new T[fullSize];
|
||||||
|
v->get(array, edge);
|
||||||
|
delete[] edge;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template class ProgressiveInput<int>;
|
||||||
|
template class ProgressiveInput<float>;
|
||||||
|
template class ProgressiveInput<double>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class ProgressiveOutput<int>;
|
||||||
|
template class ProgressiveOutput<float>;
|
||||||
|
template class ProgressiveOutput<double>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template void loadArray<int>(const char *fname,
|
||||||
|
int*& array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank);
|
||||||
|
template void loadArray<float>(const char *fname,
|
||||||
|
float*& array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank);
|
||||||
|
template void loadArray<double>(const char *fname,
|
||||||
|
double*& array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
template void saveArray<int>(const char *fname,
|
||||||
|
int *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
template void saveArray<float>(const char *fname,
|
||||||
|
float *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
template void saveArray<double>(const char *fname,
|
||||||
|
double *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
211
yorick.hpp
Normal file
211
yorick.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,211 @@
|
|||||||
|
#ifndef __YORICK_HELPERS_HPP
|
||||||
|
#define __YORICK_HELPERS_HPP
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "config.hpp"
|
||||||
|
#include <stdint.h>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace CosmoTool
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class ProgressiveDoubleOutputImpl
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
virtual ~ProgressiveDoubleOutputImpl();
|
||||||
|
virtual void addDouble(double d) = 0;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T>
|
||||||
|
class ProgressiveInputImpl
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
virtual ~ProgressiveInputImpl() {}
|
||||||
|
virtual T read() = 0;
|
||||||
|
virtual void seek(uint32_t *pos) = 0;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T>
|
||||||
|
class ProgressiveOutputImpl
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
virtual ~ProgressiveOutputImpl() {}
|
||||||
|
virtual void put(T a) = 0;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
class ProgressiveDoubleOutput
|
||||||
|
{
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
bool initialized;
|
||||||
|
int *ref;
|
||||||
|
ProgressiveDoubleOutputImpl *impl;
|
||||||
|
|
||||||
|
friend ProgressiveDoubleOutput saveDoubleArrayProgressive(const char *fname, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
void decRef();
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
ProgressiveDoubleOutput();
|
||||||
|
ProgressiveDoubleOutput(ProgressiveDoubleOutputImpl *i);
|
||||||
|
ProgressiveDoubleOutput(const ProgressiveDoubleOutput& o);
|
||||||
|
~ProgressiveDoubleOutput();
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual void addDouble(double a);
|
||||||
|
|
||||||
|
const ProgressiveDoubleOutput& operator=(const ProgressiveDoubleOutput& b);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T>
|
||||||
|
class ProgressiveInput
|
||||||
|
{
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
int *ref;
|
||||||
|
ProgressiveInputImpl<T> *impl;
|
||||||
|
|
||||||
|
void decRef()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (ref == 0)
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
|
||||||
|
(*ref)--;
|
||||||
|
if (*ref == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
delete ref;
|
||||||
|
delete impl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
impl = 0;
|
||||||
|
ref = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
static ProgressiveInput<T>
|
||||||
|
loadArrayProgressive(const char *fname, uint32_t *&dimList,
|
||||||
|
uint32_t& rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
ProgressiveInput() {
|
||||||
|
impl = 0;
|
||||||
|
ref = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
ProgressiveInput(ProgressiveInputImpl<T> *i) {
|
||||||
|
impl = i;
|
||||||
|
ref = new int;
|
||||||
|
*ref = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
ProgressiveInput(const ProgressiveInput<T>& o) {
|
||||||
|
ref = o.ref;
|
||||||
|
impl = o.impl;
|
||||||
|
(*ref)++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
~ProgressiveInput() {
|
||||||
|
decRef();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
T read()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return impl->read();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void seek(uint32_t *pos)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
impl->seek(pos);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const ProgressiveInput<T>& operator=(const ProgressiveInput<T>& b)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
decRef();
|
||||||
|
ref = b.ref;
|
||||||
|
impl = b.impl;
|
||||||
|
if (ref != 0)
|
||||||
|
(*ref)++;
|
||||||
|
return *this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T>
|
||||||
|
class ProgressiveOutput
|
||||||
|
{
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
int *ref;
|
||||||
|
ProgressiveOutputImpl<T> *impl;
|
||||||
|
|
||||||
|
void decRef()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (ref == 0)
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
|
||||||
|
(*ref)--;
|
||||||
|
if (*ref == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
delete ref;
|
||||||
|
delete impl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
impl = 0;
|
||||||
|
ref = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
static ProgressiveOutput<T>
|
||||||
|
saveArrayProgressive(const char *fname, uint32_t *dimList,
|
||||||
|
uint32_t rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
ProgressiveOutput() {
|
||||||
|
impl = 0;
|
||||||
|
ref = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
ProgressiveOutput(ProgressiveOutputImpl<T> *i) {
|
||||||
|
impl = i;
|
||||||
|
ref = new int;
|
||||||
|
*ref = 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
ProgressiveOutput(const ProgressiveOutput<T>& o) {
|
||||||
|
ref = o.ref;
|
||||||
|
impl = o.impl;
|
||||||
|
(*ref)++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
~ProgressiveOutput() {
|
||||||
|
decRef();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void put(T a)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
impl->put(a);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const ProgressiveOutput<T>& operator=(const ProgressiveOutput<T>& b)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
decRef();
|
||||||
|
ref = b.ref;
|
||||||
|
impl = b.impl;
|
||||||
|
if (ref != 0)
|
||||||
|
(*ref)++;
|
||||||
|
return *this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
void saveArray(const char *fname,
|
||||||
|
T *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
void loadArray(const char *fname,
|
||||||
|
T*& array, uint32_t *& dimList, uint32_t& rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
void saveFloatArray(const char *fname,
|
||||||
|
float *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
void loadFloatArray(const char *fname,
|
||||||
|
float *&array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank)
|
||||||
|
throw (NoSuchFileException);
|
||||||
|
|
||||||
|
void saveDoubleArray(const char *fname,
|
||||||
|
double *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
void loadDoubleArray(const char *fname,
|
||||||
|
double *&array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank)
|
||||||
|
throw (NoSuchFileException);
|
||||||
|
|
||||||
|
void loadIntArray(const char *fname,
|
||||||
|
int *&array, uint32_t *&dimList, uint32_t& rank)
|
||||||
|
throw (NoSuchFileException);
|
||||||
|
void saveIntArray(const char *fname,
|
||||||
|
int *array, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
|
||||||
|
ProgressiveDoubleOutput saveDoubleArrayProgressive(const char *fname, uint32_t *dimList, uint32_t rank);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
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